如何在 julia 中创建一个新类型？

Question

我写了一个haskell代码来翻译RNA密码子，如下所示：

data Base = U | C | A | G
data Amino = Phe | Lue | Ile | Met | Val | Ser | Pro | Thr | Ala |
       Tyr | Stop | His | Gln | Asn | Lys | Asp | Glu | Cys | Trp | Arg | Gly deriving Show

codon :: Base -> Base -> Base -> Amino

parse :: String -> [Base]
parse = map go where
  go 'U' = U
  go 'A' = A
  go 'C' = C
  go 'G' = G

convert :: [Base] -> [Amino]
convert [] = []
convert (x1:x2:x3:xs) = codon x1 x2 x3 : convert xs
convert _ = undefined

main = do
  input <- getLine
  let x = show . convert . parse $ input
  putStrLn x

codon U U U = Phe 
codon U U C = Phe
codon U U A = Lue 
codon U U G = Lue 
codon C U U = Lue 

我想写这样的 julia 代码。 为了创建像Base或Amino这样的新类型，我在 julia 文档中找到了抽象类型，但找不到如何创建新类型。

如何定义新类型，如Base和U , C , A , G ？

Answer 1

这里是。 我既不了解基因组学也不了解 Haskell，但您应该喜欢这段代码。

@enum Baze::Int8 U C A G
@enum Amino::Int8 Phe Lue Ile Met Val Ser Pro Thr Ala Tyr Stop His Gln Asn Lys Asp Glu Cys Trp Arg Gly


using Memoize
@memoize function parseS(T::Union{Type{Baze},Type{Amino}}, s::Symbol)
    dat = Dict(value => key for (key, value) in Base.Enums.namemap(T))
    T(dat[s])
end

import Base.parse
parse(T::Union{Type{Baze},Type{Amino}}, str)=parseS(T, Symbol(str))

现在让我们看看它是如何工作的。 我不确定你是更喜欢 4-Tuple 还是 Codon 的 Dict 无论如何改变这个代码已经很容易了。

julia> Codon = Tuple{Baze, Baze, Baze, Amino};

julia> codon1 = Codon(parse.(Codon.types,["U","C", "A", "Tyr"]))
(U, C, A, Tyr)

julia> codon2 = Codon(parseS.(Codon.types,[:U,:C,:A,:Tyr]))
(U, C, A, Tyr)

julia> codon3 = (U,C,A,Tyr)
(U, C, A, Tyr)

julia> codon1 === codon2 === codon3
true

对我来说看起来像迷你遗传学框架:-)