复合打印语句覆盖部分变量

Question

我编写并使用了多年的脚本中有一些非常奇怪的行为，但由于某种原因，无法在一个特定文件上运行。

认识到脚本无法识别应该在 hash 中的密钥，我添加了一些测试打印语句来读取密钥。 我的常规策略是在变量前后放置星号以检测潜在的隐藏字符。 显然，密钥已损坏。 相关代码块：

foreach my $fastaRecord (@GenomeList) {

    my ($ID, $Seq) = split(/\n/, $fastaRecord, 2);

# uncomment next line to strip everything off sequence
# header except trailing numeric identifiers
#    $ID =~ s/.+?(\d+$)/$1/;

    $Seq =~ s/[^A-Za-z-]//g; # remove any kind of new line characters

    $RefSeqLen = length($Seq);

    $GenomeLenHash{$ID} = $RefSeqLen;

    print "$ID\n";

    print "*$ID**\n";

}

这会产生以下 output：

supercont3
**upercont3
Mitochondrion
**itochondrion
Chr1
**hr1
Chr2
**hr2
Chr3
**hr3
Chr4
**hr4

通常，我会怀疑涉及“非法”换行符。 但是，我手动替换了输入文件中的所有换行符以尝试解决问题。 输入文件中的什么可能导致脚本以这种方式执行？ 我可以想象，尽管我努力了，但 ID 变量后面仍然有一个非法换行符，但是为什么第一个星号和双星号之后的换行符都没有打印出来，为什么双星号打印在开头该行以覆盖第一个星号以及变量“值”的前两个字符的方式？

Answer 1

当您看到这些效果时，请查看文件或 hexdump 中的数据。 如果终端解释退格键、回车符和 ansi 序列，它将隐藏数据。

% perl script.pl | hexdump -C

这是一个简单的例子。 我回显a ， b ，回车，然后c 。 我的终端看到回车并将 cursor 移到该行的开头。 之后，output继续。 c掩盖了a ：

% echo $'ab\rc'
cb

通过十六进制转储，我可以看到代表回车的0d ：

% echo $'ab\rc' | hexdump -C
00000000  61 62 0d 63 0a                                    |ab.c.|
00000005

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此外，当您尝试从$Seq中删除“任何类型的换行符”时，您可能只删除垂直空格：

$target =~ s/\v//g;

您也可以使用通用换行符来

$target =~ s/\R//g;