Niftis 被绘制歪斜

Question

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当我绘制单个图像时，它们看起来是倾斜的，但当我在 3DSlicer 或其他查看器中查看图像时，它们不会出现这种情况。 我不确定是否应该调整一些我不知道的东西。 以下是我从DICOM转换的方式：

dicom2nifti.convert_directory(path_to_dicom_before, path_to_dicom_before_converted, compression=True, reorient=True)
dicom2nifti.convert_directory(path_to_dicom_post, path_to_dicom_post_converted, compression=True, reorient=True)

print(glob(path_to_dicom_before_converted + '*.nii.gz'))

nii_before = nib.load(glob(path_to_dicom_before_converted + '*.nii.gz')[0])
nii_after = nib.load(glob(path_to_dicom_post_converted + '*.nii.gz')[0])

nii_before_data = nii_before.get_fdata()
nii_after_data = nii_after.get_fdata()

fig, ax = plt.subplots(figsize=[10, 5])
plotting.plot_img(nii_before, cmap='gray', axes=ax)
plt.show()

fig, ax = plt.subplots(figsize=[10, 5])
plotting.plot_img(nii_after, cmap='gray', axes=ax)
plt.show()

plt.imshow(nii_before_data[100], cmap='bone')
plt.axis('off')
plt.show()

第一个的仿射：

[[-3.19454312e-01  7.17869774e-02  3.95075195e-02  6.01478424e+01]
 [ 5.83867840e-02  2.97792435e-01 -2.28872180e-01  1.27874863e+02]
 [ 4.69673797e-02  1.18071720e-01  5.53225577e-01  1.12181287e+03]
 [ 0.00000000e+00  0.00000000e+00  0.00000000e+00  1.00000000e+00]]

Answer 1

正如您在此答案中所见，您正在绘制第100行的所有列和所有切片！ 您还需要绘制像素数组nii_before_data而不是包含其他类型数据的整个Nifti图像nii_before 。

你可以试试：

nii_before = nib.load(glob(path_to_dicom_before_converted + '*.nii.gz')[0])
nii_after = nib.load(glob(path_to_dicom_post_converted + '*.nii.gz')[0])

nii_before_data = nii_before.get_fdata()
nii_after_data = nii_after.get_fdata()

## Same goes for nii_after_data
if(len(nii_before_data.shape)==3):
   for slice_Number in range(nii_before_data.shape[2]):
       plt.imshow(nii_before_data[:,:,slice_Number ])
       plt.show()
if(len(nii_before_data.shape)==4):
   for frame in range(nii_before_data.shape[3]):
       for slice_Number in range(nii_before_data.shape[2]):
           plt.imshow(nii_before_data[:,:,slice_Number,frame])
           plt.show()

如果您可以提供示例Nifti图像，则根据您的数据，解决方案可能会更精确。