将Tree转换为newick格式。 爪哇

Question

我在将二叉根树转换为newick格式时遇到问题。 可以找到这种格式的完整说明： http : //code.google.com/p/mrsrf/wiki/NewickTree

newick格式的示例如下：

对于诸如http://www.cs.mcgill.ca/~cs251/OldCourses/1997/topic8/images/completetreetwo.gif这样的树T，newick表示为：（（（（8,9），（10,11 ）），（（（12,13），（14,15）））

内部节点将成为逗号，而叶子将被保留。

这样的树有内部节点，该节点将始终有2个子节点。

我在使用递归来解决这种newick格式时遇到问题。 输出包含太多的节点和花括号。

任何解决此问题的意见都将受到赞赏，甚至将欢迎使用迭代算法

import java.util.Stack;

public class Tree { ....

public class Tree { ....

 public String inOrderNewick(Node root, String output) throws ItemNotFoundException { if (root.hasChild()) { output += "("; output += inOrderNewick(root.child1, output); output += ","; output += inOrderNewick(root.child2, output); output += ")"; return output; } else { return root.getSeq(); } 

}

// edit：按照建议实施更改。 但一棵树的期望输出是[[S3，（S1，S2）），（S4，S5）），其中实际输出是[[（S3，（（S3，（S1，S2）），（（（S3 ，（（（S3，（S1，S2）），（S4，S5））

这告诉我存在逻辑错误。 也许需要标记？

Answer 1

也许您在理解递归方面有缺陷。 您不需要“输出”参数。 计算子树时，不需要先前节点的表示。 使它像这样：

public String inOrderNewick(Node root) throws ItemNotFoundException {
    if (root.hasChild()) {
        String output = "";
        output += "(";
        output += inOrderNewick(root.child1);
        output += ",";
        output += inOrderNewick(root.child2);
        output += ")";
        return output;
    } else {
        return root.getSeq();
    }
}

Answer 2

固定代码仅适用于每个节点0或2个子代的树。

这应该适用于任意二叉树+添加分支距离参数：

BinaryTree left;
BinaryTree right;
double ldist;
double rdist;
String label;

//...    

public String toNewick(){

        if(right==null && left==null){
          return label.toString();
        }

        String output = "(";
        if(right!=null){
          output+=right.toNewick()+":"+rdist;
        }
        if(right!=null && left!=null){
          output+=",";
        }
        if(left!=null){
          output+=left.toNewick()+":"+ldist;
        }
        output += ")";    

        return output;
}