如何在Java或clojure中使用ImageJ进行批量图像处理？

Question

我想使用ImageJ来处理几千个图像。

有没有办法采取任何一般的imageJ插件并自动应用于数百个图像？

例如，假设我想拍摄我的一千张图像并对每个图像应用极化变换---

可以在此处找到ImageJ的极性转换插件：

http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/polar-transformer.html

大！ 我们来使用吧。 从：

http://albert.rierol.net/imagej_programming_tutorials.html#How%20to%20automate%20an%20ImageJ%20dialog

我发现我可以使用以下方法应用插件：

(defn x-polar 
  [imageP]
  (let [thread (Thread/currentThread)
        options ""]
    (.setName thread "Run$_polar-transform")
    (Macro/setOptions thread options)
    (IJ/runPlugIn imageP "Polar_Transformer" "")))

这很好，因为它会抑制对话框，否则会弹出每个图像。 但是运行它总是会显示一个包含转换后图像的窗口，当我想要的只是返回转换后的图像时。

做我想做的最愚蠢的方法是关闭出现的窗口并返回它正在显示的图像。

我想要的是绝对迟钝的：

(defn x-polar 
  [imageP]
  (let [thread (Thread/currentThread)
        options ""]
    (.setName thread "Run$_polar-transform")
    (Macro/setOptions thread options)
    (IJ/runPlugIn imageP "Polar_Transformer" "")
    (let [return-image (IJ/getImage)]
      (.hide return-image)
      return-image)))

我显然缺少一些关于如何在编程上下文中使用imageJ插件的东西。 有谁知道这样做的正确方法？

谢谢， - 罗伯特麦金太尔

Answer 1

不幸的是，ImageJ插件在没有编程使用的情况下编写是很常见的，并且在没有更改插件代码的情况下，实际上没有一种优雅的方法可以解决这个问题。 （你已经发现它周围的方法不尽如人意:)）因此，在你的位置我只Polar_Transformer.java通过以下方式更改Polar_Transformer.java中的代码：

http://gist.github.com/452826

......这在斐济插件设计指南中的含义上是模糊的，同时仍试图对原始代码进行微小的更改。 然后你可以创建PlugIn对象并在其上调用exec(...) ，提供你想要的选项。 （我还没有真正测试过这个补丁，但你明白了。）

我希望有一些帮助 - 我看到你的问题是不久前的，所以我想你可能在同一时间找到了其他一些解决方法。