在變量上使用awk

Question

我正在嘗試編寫一個Bash腳本，該腳本讀取具有幾列數據的文件，並將第二列中的每個值乘以第三列中的每個值，並將所有這些乘法的結果相加。

例如，如果文件如下所示：

Column 1    Column 2    Column 3    Column 4
genome      1           30          500
genome      2           27          500
genome      3           83          500
...

腳本應將1 * 30乘以30，然后將2 * 27乘以54（並將其加到30），然后將3 * 83乘以249（並將其加到84）等等。

我一直在嘗試使用awk來解析輸入文件，但是不確定如何使操作逐行進行。 現在，它在讀取第一行並執行變量操作之后停止。

到目前為止，這是我寫的內容：

for file in fileone filetwo
do
    set -- $(awk '/genome/ {print $2,$3}' $file.hist)
    var1=$1
    var2=$2
    var3=$((var1*var2))
    total=$((total+var3))

    echo var1 \= $var1
    echo var2 \= $var2
    echo var3 \= $var3
    echo total \= $total
done

我嘗試在所有內容周圍放置一個“邊讀邊”循環，但是無法獲取每行更新的變量。 我想我要走錯路了！

我是Linux和Bash腳本的新手，所以將不勝感激！

Answer 1

這是因為awk會讀取整個文件並在每一行上運行其程序。 因此，您從awk '/genome/ {print $2,$3}' $file.hist獲得的輸出看起來像

1 30
2 27
3 83

依此類推，這意味着在bash腳本中， set命令進行以下變量分配：

$1 = 1
$2 = 30
$3 = 2
$4 = 27
$5 = 3
$6 = 83

等等。但是您只在腳本中使用$1和$2 ，這意味着文件的其余內容（第一行之后的所有內容）都將被丟棄。

老實說，除非您只是為了學習如何使用bash而這樣做，否則我會說只是在awk中這樣做。 由於awk自動在文件的每一行上運行，因此很容易將第2列和第3列相乘並保持運行總計。

awk '{ total += $2 * $3 } ENDFILE { print total; total = 0 }' fileone filetwo

ENDFILE在這里是一個特殊的地址，表示“在每個文件的末尾而不是在每一行運行下一個塊”。

如果你這樣做是為教育目的，讓我這樣說：你需要知道在bash做算術的唯一的事情是，你應該永遠不會做算術在bash :-P認真不過，當你要處理的數字，是bash 最不適合該工作的工具之一。 但是，如果您真的想知道，我可以對其進行編輯以包括一些有關如何主要在bash中執行此任務的信息。

Answer 2

我同意awk通常更適合這種工作，但是如果您好奇純bash實現會是什么樣子：

for f in file1 file2; do
    total=0
    while read -r _ x y _; do
        ((total += x * y))
    done < "$f"
    echo "$total"
done