帶有bin / bash的進程執行程序在JAVA中不起作用

Question

我正在嘗試在JAVA中執行以下操作，但對我而言不起作用：opt文件為空。 程序：RNAfold計算結構：從文件“ seq”讀取並將結構寫入文件“ opt”。 （當我從終端運行命令時，它正在工作）

**程序創建文件：seq，opt

Runtime rt = Runtime.getRuntime();
Process pr1;
try {
   command = "home/ViennaRNA-2.0.7/Progs/RNAfold -T "+Double.toString(tempature)+" --noLP <seq> opt";

   pr1 = rt.exec(new String[] { "/bin/sh", "-c",command});

.............

有人看到代碼有問題嗎？

Answer 1

您是否正在檢查錯誤流和退出代碼？

stderr = pr1.getErrorStream (); 
brCleanUp = new BufferedReader (new InputStreamReader (stderr));
while ((line = brCleanUp.readLine ()) != null) {
  System.out.println ("[Stderr] " + line);
}

System.out.println ("Exit code: " + process.exitValue());

另外，請檢查您的路徑是否正確，並在可能的情況下指定完整路徑。 不帶斜杠的“ home / ViennaRNA-2.0.7 / Progs / RNAfold”看起來很奇怪，如果當前目錄不符合預期，可能會出錯。