如何在沒有sed字符串的情況下匹配行

Question

我試圖打印出該文件夾下每個文件的第一行（以>開頭，因為文件是fasta文件），並使用sed提取出沒有質粒和片段的那些行。

我做了ls * | xargs -I one sed -n -e '/^>.*[^fragment|plasmid].*/p' one > outfile ls * | xargs -I one sed -n -e '/^>.*[^fragment|plasmid].*/p' one > outfile但它不起作用？ 我應該如何修改？

Answer 1

我是否認為您只想從每個文件中打印第一行（如果該行不包含片段或質粒）？ 那只是：

awk 'FNR==1 && !/fragment|plasmid/' *

如果這不是您想要的，請使用一些代表性的示例輸入和預期輸出來更新您的問題。

Answer 2

這對您有用嗎？

head -q -n 1 * | egrep -v "^>.*(fragment|plasmid).*"

Answer 3

如果我將您的要求讀為以>開頭的打印行，除非它們包含片段或質粒，那么我認為這將為您完成：

sed -ne '/^>/{/fragment/;b;/plasmid/b;p;}' one > outfile

它會忽略所有不以>開頭的行，如果找到片段或質粒，它將跳至腳本末尾並轉到下一行。