在PHP中提取DNA序列的處理信息

Question

嗨，專家助手，

這是我發布的第一個問題，對於其他問題，我看到了驚人的答案。 我的問題在下面；

我想通過一個網站（例如FASTSNP網站）按等級提取處理與DNA序列相關的查詢（SNP：單核苷酸多態性，每個SNP具有特定的唯一ID）后得到的結果（輸出）。給定的SNP，並能夠將提取的結果存儲在MySQL數據庫中。 有沒有辦法使用regex或任何其他PHP和/或Perl（使用out命令來這樣做？有經驗的人可以幫助我。

先感謝您！

Answer 1

歡迎來到stackoverflow！ 首先，我想第二個@amon。 如果您有任何代碼想法，請發布它們。 否則，您應該提出一個更精確的問題。 就是說，我將嘗試給出答案，並且如果您提供任何其他說明，可以對其進行更新。

如果您正在使用序列或更一般地說是生物信息學，那么您絕對應該看看Bioperl 。 它帶有針對生物信息學中最常用的數據格式的接口，甚至還帶有某些在線資源（包括數據庫）的接口。 然后，有一些Perl模塊通常可以與數據庫交互，對於SQL數據庫，我猜想SQL :: DB可能是一個很好的起點，但是到目前為止，我還沒有使用過其中的任何一個。

Answer 2

我會謙虛地建議您使用perl。

WWW :: Mechanize可以為您運行查詢並獲取結果。 它具有一個commit_form方法。 鏈接頁面上的簡單示例（簡介）向您展示了操作方法。

獲得結果后，就可以使用排序對結果進行排序 ，幾乎可以采用任何所需的方式。

還有許多很棒的數據庫訪問模塊。

您能否發布一個示例查詢，然后將其發送到FASTSNP網站？