rian在Rian上安裝debian

Question

在Debian 64位機器上更新到R 3.0.1后，rJava軟件包不想安裝。

配置失敗，所以sudo R CMD javareconf [這在另一台debian機器上工作]。 但它在這里不起作用，還有其他人有這個問題嗎？ [見下面的終端輸出]

henk@crunchbang:~$ sudo R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.6.0_18
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar

trying to compile and link a JNI progam 
detected JNI cpp flags    : 
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic  -O3 -pipe  -g  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: error: jni.h: No such file or directory
conftest.c: In function ‘main’:
conftest.c:4: warning: implicit declaration of function ‘JNI_CreateJavaVM’
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program


Java library path: 
JNI cpp flags    : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /usr/lib64/R
Done.

# check java
henk@crunchbang:~$ java -version
java version "1.6.0_18"
OpenJDK Runtime Environment (IcedTea6 1.8.13) (6b18-1.8.13-0+squeeze2)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)

java環境：

henk@crunchbang:~$ aptitude search "?provides(java-runtime)"
i A default-jre                            - Standard Java or Java compatible Runtime        
i A default-jre-headless                   - Standard Java or Java compatible Runtime (headle
p   gcj-4.4-jre                            - Java runtime environment using GIJ/classpath    
p   gcj-4.4-jre-headless                   - Java runtime environment using GIJ/classpath (he
p   gcj-jre                                - Java runtime environment using GIJ/classpath    
p   gcj-jre-headless                       - Java runtime environment using GIJ/classpath (he
i A openjdk-6-jre                          - OpenJDK Java runtime, using Hotspot JIT         
i A openjdk-6-jre-headless                 - OpenJDK Java runtime, using Hotspot JIT (headles
i   sun-java6-jre                          - Sun Java(TM) Runtime Environment (JRE) 6 (archit

Answer 1

我把這些步驟（上EC2與Ubuntu 14.04和RStudio服務器）安裝將R包qdap需要rJava ：（我可能在這里和那里引用其他來源，我不記得從那里，但感謝。）

從http://sites.psu.edu/theubunturblog/cran2deb4ubuntu/安裝這些存儲庫

（debian： http ： //r-forge.r-project.org/projects/cran2deb/ ）

sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter
sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u 
sudo apt-get update

安裝Java：

sudo apt-get install openjdk-7-jdk
ls /usr/lib/jvm

為Java設置系統范圍的環境變量：

sudo joe /etc/profile.d/javaenvvar.sh

其中包含：

# JAVA environment variable
# for openjdk-7-jdk in order to use the R package `qdap`.
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

然后退出BASH並再次登錄。 檢查您的路徑更改：

echo $PATH
echo $JAVA_HOME

然后：

sudo R CMD javareconf

應該返回：

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.7.0_65
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar

使用以下條目創建文件/etc/ld.so.conf.d/java.conf ：

/usr/lib/jvm//usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm//usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server

然后從這些新存儲庫安裝rJava ：

sudo apt-get install r-cran-rjava

這只是將rJava安裝到/usr/lib/R/site-library ，希望這對所有RStudio-Server用戶都可以訪問。

sudo update-alternatives --config java

希望只安裝一個java。

更新R包：

sudo R
> packageStatus()
> update.packages()

在系統范圍內安裝R軟件包（仍在sudo R中）：

> install.packages("qdap", lib="/usr/lib/R/site-library")

重置RStudio-Server：
首先注銷RStudio-Server。

sudo rstudio-server stop
sudo rstudio-server start

重新登錄RStudio-Server。

如果出現內存錯誤，請嘗試分離一些軟件包。 EC2 t2-micro只有1 GB的RAM。

Answer 2

我有同樣的問題，解決方案是更新到openjdk-7- *並使用update-alternatives --config java來設置java-7-openjdk路徑。