R-從glmmadmb輸出中提取過分散參數

Question

我想知道是否有人知道從R中glmmadmb的輸出中提取色散參數的估計值的方法。我使用的是負二項式模型，並且想將此代碼用於幾種不同的物種而不必輸入並手動提取其余代碼的值。

這是我的輸出示例：

  > summary(mod1)

       Call:
           glmmadmb(formula = species ~ (1 | year) + (1 | site), data = cs, 
           family = "nbinom2", link = "log")

        AIC: 8131.7 

       Coefficients:
        Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)    
        (Intercept)     4.05       0.19    21.3   <2e-16 ***
          ---
         Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

       Number of observations: total=798, year=53, site=15 
       Random effect variance(s):
       Group=year
                  Variance StdDev
       (Intercept)   0.1925 0.4388
       Group=site
                  Variance StdDev
       (Intercept)   0.4748  0.689

       Negative binomial dispersion parameter: 1.7211 (std. err.: 0.088936)

       Log-likelihood: -4061.86 

我還沒有找到提取此值的函數。

先感謝您！

Answer 1

glmmadmb的幫助頁面包括：

值：

  An object of class '"glmmadmb"' representing the model fit, including (among others) components: b: vector of fixed effects S: covariance matrix of random effects 

alpha：比例/過度分散參數（負二項式，Gamma，beta）

因此，我認為mod1$alpha （或者如果要非常小心，可以使用mod1[["alpha"]]應該可以得到想要的。

如果文檔不存在，您可以（1）查看glmmADMB:::print.summary.glmmadmb建議的glmmADMB:::print.summary.glmmadmb代碼； （2）查看names(mod1)或str(mod1) ，以找到與所需零件相對應的模型對象零件。

可能應該有一個訪問器方法，但我不知道R中有一個一致的約定來提取模型的分散類型參數...