繪制巨大的相關矩陣作為顏色

Question

我有一個相關矩陣$ P_ {i，j} $，它是$ 1000 \\乘以1000 $。 給定數據，矩陣將具有高度相關的矩形塊。 也就是說，如果您在此矩陣中的任意位置繪制$ 20 \\ times 20 $平方，則您將看到高度相關變量的補丁（$ \\ rho_ {i，j}> 0.8 $）或中到不相關的變量（$ \\ in [-0.1，0.5] $）。 這樣做的原因是數據的結構。

如何用圖形表示？ 我知道一種可視化這樣的矩陣的方法，但它僅適用於小尺寸：

install.packages("plotrix")
library(plotrix)
rhoMat = array(rnorm(1000*1000),dim=c(1000,1000))
color2D.matplot(rhoMat[1:10,1:10],cs1=c(0,0.01),cs2=c(0,0),cs3=c(0,0)) #nice!
color2D.matplot(rhoMat,cs1=c(0,0.01),cs2=c(0,0),cs3=c(0,0)) #broken!

如果在矩陣$ P_ {i，j} $的那個附近，相關性“趨於”高，而“趨向於”低，那么將繪制紅色區域的函數或算法是什么（如果從從正相關色塊向負相關色塊移動時，一種顏色會變為另一種顏色）。 我想看一下有多少個高度相關的補丁，以及一個補丁是否與數據集中另一個位置的另一個補丁相關。

我只想在R這樣做。

Answer 1

我認為您可以使用帶參數breaks image來獲取所需的內容：

dat <- matrix(runif(10000), ncol = 100)
image(dat, breaks = c(0.0, 0.8, 1.0), col = c("yellow", "red"))

對於這種問題，我總是想不到image -名稱有點不明顯。 我從heatmap開始，然后它使我image 。

Answer 2

查看corrplot程序包。 它具有用於可視化相關性的各種工具，它的一個選擇是使用層次聚類在高相關性或低相關性的組周圍繪制矩形。

Answer 3

我已經很容易在Excel中完成此操作。 您可以根據框內值的范圍更改框的顏色。 您甚至可以創建一個從0到1的漸變。對於Excel，1000 x 1000會很大，但是我認為它會起作用。 您只需要縮小即可。