regexp查找和替換：sed中的bash變量

Question

我想在行的開頭刪除此序列：

ATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG，后接至少3個A字符。

序列A和多個A都應刪除，並且文件的其余部分應保留。

我的輸入文件如下所示：

@M00946:3:000000000-A2WF2:1:1101:18115:1962 1:N:0:2
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAACATTTTCTTTCTTACTTCGTTCACTTTCCACTTCTTTCTCCCTATCTTCCCCCTTCTGTCTGCCCCAGCTGTCTATCCCACTTATTGTCTCCCCCCACTGCCCCACACTCCTACCTTCTTCATCTTCACCTAACACCTCCCGCTCCCTCCTTATCGTCTCTTATCCTTTCCTTGTTCC
+
????????DDDDDDDDGGGGGGHHIIIIHHHIIIIFHIIIH/CGFHHIIIIHEDHHIIIIHI=5EEGFEHHEC+5,,4@,@,,....--..+77,,.6..6.....7.4..7.76=..-5.>.4-)134-.5....-3*))0***1*********10*0**01*1*)''..0***.)0'))*****00*11******01***0****0*)**0)'''...*0)0*11********1****1*0********
@M00946:3:000000000-A2WF2:1:1101:19888:2900 1:N:0:2
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAACACAAATACCGTTCCAATATCTTTTTGTTTCATGTCTAATAAC
+
<<??????BB?BBBBBCAFFFCFHF;>EFCDFGFFHFBGHCA=FHA>EFGEE7CF>F?FFHB=?EEGF>>DH5<)++,++,4,,4+=:,,,,5,,,,,,,,),33?,3,3,3,,,,33

我正在嘗試使用看起來像這樣的腳本replace.sh

file=$1;
adapter_sequence=$2;
sed -r "s/${adapter_sequence}A{3}//" $file

從命令行：

./replace.sh file.fastq GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG

這沒用。 任何腳本語言的任何幫助將不勝感激。

Answer 1

我相信您有$1 ， $2撤消了。 像這樣：

adapter_sequence=$2
sed "s/$adapter_sequence//" $1

在理想情況下，我想刪除所有從行首開始的適配器序列，然后至少三個A字母，

試試這個sed：

sed -r "s/^${adapter_sequence}A{3,}//" file