如何將所有R軟件包從超級用戶重新安裝到用戶？

Question

我在Ubuntu中使用R。 我意識到我已經在/usr/local/lib/R/site-library/和/home/sparhawk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/ 。 我希望它們都在我的用戶目錄中。

如何將所有（非基本）軟件包移至用戶目錄？ 如有必要，我很高興重新安裝R和/或軟件包。

我也嘗試了sudo apt-get purge r-base ，但這沒有碰到上面列出的根目錄。

Answer 1

將destdir選項與install.packages一起使用可指定要安裝的軟件包的位置。

install.packages（“ RCpp，destdir =”〜/ RPackages“，CRAN =” http://cran.r-project.org“）

Answer 2

卸載R和軟件包

首先，我清除了Ubuntu軟件包

$ sudo apt-get purge r-recommended
$ sudo apt-get --purge autoremove
...
dpkg: warning: while removing r-base-core, directory '/usr/lib/R/library' not empty so not removed

如上所述，未刪除一個目錄，因此

$ rm -r /usr/lib/R /tmp

/usr/local/lib/R/site-library/和~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/中的軟件包目錄仍然存在，因此我刪除了它們。

$ mv /usr/local/lib/R/ /tmp
$ mv ~/R/ /tmp/R-user

重新安裝R和軟件包

sudo apt-get install r-recommended

從用戶帳戶運行R（我使用RStudio）。 手動安裝軟件包。

有一次，我得到了警告。

Warning message:
installed directory not writable, cannot update packages 'Matrix' 

因此，我沒有以超級用戶身份運行R，而是嘗試在用戶目錄中安裝另一個版本。 我想我已經安裝了兩個版本，但是R似乎選擇了較新的版本。

> update.packages()
Matrix :
 Version 1.0-14 installed in /usr/lib/R/library 
 Version 1.1-0 available at http://cran.rstudio.com
Update (y/N/c)?  y
Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :
  'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead?  (y/n) y
...
> update.packages()
Warning: package 'Matrix' in library '/usr/lib/R/library' will not be updated
> packageVersion('Matrix')
[1] ‘1.1.0’

但是，盡管R似乎選擇了最新版本，但我仍然收到有關無法升級軟件包的警告消息。

> biocLite("limma")
Warning message:
installed directory not writable, cannot update packages 'Matrix'