R：為什么熱圖在相同數量的行中顯示白色？

Question

在下面的示例中，包含3個cols和5行的矩陣。 當我創建熱圖時，任何具有相似數字的行（如下面的示例（0.3、0.3、0.3））都會在熱圖中顯示白色。 我的目的是將其更改為任何所需的顏色。 示例：這是一個示例：

    A = matrix(c(0.0183207, 0.0000000, 0.1468750, 0.03, 0.03, 0.03,0.4544720,0.0000000,0.1395850,0.002,0,0,1.1,1,1),nrow=5,ncol=3,byrow = TRUE) 
dimnames(A) = list(c("row1", "row2","row3","row4","row5"),c("col1", "col2", "col3"))
heatmap.2( A,col =redgreen, scale = "row", cexRow=0.3, cexCol=0.8, margins=c(6,6), trace="none")

非常感謝您的幫助

Answer 1

顏色為白色，因為您的熱圖命令會在繪制熱圖之前縮放行。 因此，行c（0.3，0.3，0.3）變為零行，並且在此配色方案中，零用白色表示。

如果要為這些行使用其他顏色方案，則必須考慮是否確實要縮放行，或者使用breaks和col參數為值0創建單獨的顏色。

Answer 2

縮放常數向量會發生什么？ 您要告訴R除以0，得到NaN 。

scale(c(0.3, 0.3, 0.3))

當您告訴heatmap.2按行縮放時，這就是發生的情況，但是您的其中一行沒有變化。 由於NaN不是數字，因此將其繪制為白色。 如果您想將其改為黑色，那么我認為您應該預先手動縮放數據，並將NaN替換為0。

scaled_A <- t(apply(A, MARGIN=1, FUN=scale))
scaled_A[is.nan(scaled_A)] <- 0

然后可以進行熱圖調用

heatmap.2( scaled_A,col =redgreen,
           scale = "none",
           cexRow=0.3, cexCol=0.8,
           margins=c(6,6), trace="none",
           dendrogram='none')

它是黑色的。 似乎可以按原樣切換順序，但是您可能可以找出解決方法。