使用igraph / R查找所有最短路徑

Question

首先，我對R不是很精通，但我有一個100個節點的網絡，我正在做分析。 我想找到網絡中每對節點之間的所有最短路徑（100次計算），訣竅是將它們作為整數返回，路徑長度如果你願意的話。

#construct a small sample of the graph
g = graph.formula('insert graph') 

#use the function to retrieve shortest paths from a single vertex
get.all.shortest.paths(g, 1, to = V(g))

#output
$res
$res[[1]]
[1] 1

$res[[2]]
[1] 1 2

$res[[3]]
[1] 1 2 3

$res[[4]]
[1] 1 2 3 4

$res[[5]]
[1] 1 2 3 4 5

$res[[6]]
[1]  1 10  9  8  7  6

$res[[7]]
[1] 1 2 3 4 5 6

$res[[8]]
[1]  1 10  9  8  7

$res[[9]]
[1]  1 10  9  8

$res[[10]]
[1]  1 10  9

$res[[11]]
[1]  1 10


$nrgeo
 [1] 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1

雖然這很好，但手動迭代所有100個節點是不切實際的。 有沒有辦法實現自動化？ 我的問題的第二個組成部分是我希望將每個路徑輸出為數字，如路徑長度，而不是給出實際路徑。 我想要的另一件事是計算模式路徑長度（或在網絡中更常見的路徑長度）。 查看100個數字是不可行的，因此必須自動化。

任何幫助都會被徹底欣賞，這似乎是一個新手的問​​題，我有點像新手用戶。

Answer 1

您可以使用shortest.paths返回每個節點之間距離的矩陣：

distMatrix <- shortest.paths(g, v=V(g), to=V(g))

結果：

      cdc42 ste20 mkk2 bul1 mth1 vma6 vma2  ... 
cdc42     0     1  Inf  Inf    4    3    2  
ste20     1     0  Inf  Inf    3    2    1  
mkk2    Inf   Inf    0    1  Inf  Inf  Inf  
bul1    Inf   Inf    1    0  Inf  Inf  Inf  
mth1      4     3  Inf  Inf    0    1    2  
vma6      3     2  Inf  Inf    1    0    1
vma2      2     1  Inf  Inf    2    1    0  
...      

它很容易訪問它：

# e.g. shortest path length between the second node and the fifth
distMatrix[2,5]
>
[1] 3

# or using node names:
distMatrix["ste20", "mth1"]
>
[1] 3

Answer 2

如果你只想要長度，你應該使用path.length.hist 。 要獲得該模式，只需使用

which.max(path.length.hist(g)$res)