python遞歸與冒泡排序

Question

所以，我有這個問題，我收到兩串字母ACGT，一個只有字母，另一個包含字母和短划線“ - ”。兩者都是相同的長度。 將帶有破折號的字符串與沒有它的字符串進行比較。 細胞細胞。 對於每個配對我都有一個評分系統。 我為評分系統編寫了這段代碼：例如：dna1：-ACA dna2：TACG得分為-1。 （因為破折號與字母（T）相比給出-2，字母與同一字母相比給出+1（A到A），+ 1（C到C）和非相似字母給（-1）所以sum是-1。

def get_score(dna1, dna2, match=1, mismatch=-1, gap=-2):
""""""

score = 0

for index in range(len(dna1)):
    if dna1[index] is dna2[index]:
        score += match
    elif dna1[index] is not dna2[index]:
        if "-" not in (dna1[index], dna2[index]):
            score += mismatch
        else:
            score += gap

這工作正常。

現在我必須使用遞歸來為2個字符串提供最好的分數。 我收到2根琴弦，這次可以有不同的尺寸。 （我不能改變字母的順序）。 所以我寫了這個代碼，在短字符串中添加“ - ”多次，以創建2個相同長度的字符串，並將它們放在列表的開頭。 現在我想開始移動破折號並記錄每個破折號位置的得分，最后獲得最高的posibble分數。 因此，為了移動破折號我寫了一個小泡泡排序..但它似乎做我想要的東西。 我意識到這是一個很長的問題，但我會喜歡一些幫助。 如果我寫的任何內容都不明白，請告訴我。

def best_score(dna1, dna2, match=1, mismatch=-1, gap=-2,\
                         score=[], count=0):
""""""

diff = abs(len(dna1) - len(dna2))

if len(dna1) is len(dna2):
    short = []
elif len(dna1) < len(dna2):
    short = [base for base in iter(dna1)]
else:
    short = [base for base in iter(dna2)]

for i in range(diff):
    short.insert(count, "-")

for i in range(diff+count, len(short)-1):
    if len(dna1) < len(dna2):
        score.append((get_score(short, dna2),\
                      ''.join(short), dna2))
    else:
        score.append((get_score(dna1, short),\
                      dna1, ''.join(short)))
    short[i+1], short[i] = short[i], short[i+1]

if count is min(len(dna1), len(dna2)):
    return score[score.index(max(score))]
return best_score(dna1, dna2, 1, -1, -2, score, count+1)

Answer 1

首先，如果我正確地推斷了您的成本函數，您的最佳得分值不依賴於差距，因為破折號的數量是固定的。

其次，它是線性的，取決於不匹配的數量，因此不依賴於匹配和不匹配的精確值，只要它們分別為正和負。

因此，您的任務減少為查找最長字符串字母的最長子序列，嚴格匹配最短字母的子序列。

第三，通過M(string, substr)函數定義從上面得到的最佳匹配長度。 如果你最小的字符串fisrt字母是S ，那就是substr == 'S<letters>' ，那么

M(string, 'S<letters>') = \
    max(1 + M(string[string.index(S):], '<letters>') + # found S
            M(string[1:], '<letters>')) # letter S not found, placed at 1st place

后者是一個易於實現的遞歸表達式。

對於一對string, substr表示m=M(string, substr)最佳分數的子m=M(string, substr)相等

m * match + (len(substr) - m) * mismatch + (len(string)-len(substr)) * gap

它很簡單，在遞歸表達式中存儲最大值，以找出最匹配的是什么。