如何從bash中的python腳本的一組不同的輸入文件中輸出多個文件

Question

我已經有我的python腳本通過將5個不同的輸入文件傳遞給它來生成所需的輸出文件。 每個輸入文件都位於不同的文件夾中，並且在每個文件夾中還有更多文件，它們都以“ chr”開頭，並以“ .vcf.gz”擴展名結尾

因此，我執行以產生一個輸出的命令是：

python myscript.py /folder1/chrX.vcf.gz /folder2/chrX.vcf.gz /folder3/chrX.vcf.gz /folder4/chrX.vcf.gz /folder5/chrX.vcf.gz > /myNewFolderForOutputs/chrXoutput.txt

現在，我想獲得一個命令來對相同文件夾中包含的其他輸入文件執行相同的操作，比如說“ chrY.vcf.gz”和“ chrZ.vcf.gz”，並同時生成我的每個輸入文件的一個輸出文件，分別名為“ chrYoutput.txt”和“ chrZoutput.txt”

那可能嗎？ 我應該改變策略嗎？

非常感謝您的任何建議或提示！

Answer 1

如果您的文件夾結構遵循示例中描述的模式，那么它將起作用：

for i in X Y Z; do
    python myscript.py /folder[1-5]/chr$i.vcf.gz > /myNewFolderForOutputs/chr${i}output.txt
done

不能100％確定這是否是您要的。