Matlab中的快速DP（Viterbi用於配置文件HMM）

Question

我在Matlab中使用viterbi logodds計算存在效率問題。

基本上，我的問題是必須具有嵌套循環，這會使代碼減慢很多。 這是昂貴的部分：

for i=1:input_len
    for j=1:num_states
        v_m=emission_value+max_over_3_elements; %V_M
        v_i=max_over_2_elements; %V_I
        v_d=max_over_2_elements; %V_D
    end
end

我相信我不是第一個為配置文件HMM實施viterbi的人，所以也許您有一些建議。 我還研究了Matlab自己的hmmviterbi，但沒有任何啟示（也使用嵌套循環）。 我還測試了用一些原始操作替換max，但是沒有明顯的區別（實際上慢一點）。

Answer 1

不幸的是，循環在Matlab中的運行速度很慢（盡管在最新版本中會變得更好），而且我不認為可以輕松地對其進行矢量化/並行化，因為循環內部的操作並不依賴於其他迭代。

對於MEX來說，這似乎是一項任務-用C語言編寫它應該不會做太多工作，並且預期的加速可能會很大。