如何在循環中編寫awk打印命令？

Question

我想編寫一個循環，分別使用每個輸入文件的第一列創建各種輸出文件。

所以我寫了

for i in $(\ls -d /home/*paired.isoforms.results)
do
awk -F"\t" {print $1}' $i > $i.transcript_ids.txt
done

例如，主目錄中是否有5個文件名為

A_paired.isoforms.results
B_paired.isoforms.results
C_paired.isoforms.results
D_paired.isoforms.results
E_paired.isoforms.results

我想將每個文件的第一列打印到一個單獨的輸出文件中，即我希望有5個輸出文件稱為

A.transcript_ids.txt
B.transcript_ids.txt
C.transcript_ids.txt
D.transcript_ids.txt
E.transcript_ids.txt

或任何其他名稱，只要是5個不同的名稱，我仍然可以將它們鏈接回原始文件。

我知道，awk和loop命令中$的雙重用法都存在問題，但是我不知道如何更改它。

是否可以在循環中編寫這樣的命令？

Answer 1

您可以完全在awk中完成此操作：

awk -F"\t" '{split(FILENAME,a,"_"); out=a[1]".transcript_ids.txt"; print $1 > out}' *_paired.isoforms.results

如果您的輸入文件沒有問題中指出的名稱，則您必須split其他內容（以及對輸入文件使用其他模式匹配）。

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我最初的答案實際上是每次打印某些內容時都進行額外的名稱解析。 這是一個僅在FILENAME更改時更新輸出文件名的版本：

awk -F"\t" 'FILENAME!=lf{split(FILENAME,a,"_"); out=a[1]".transcript_ids.txt"; lf=FILENAME} {print $1 > out}' *_paired.isoforms.results

Answer 2

這應該做的工作：

for file in /home/*paired.isoforms.results
do
    base=${file##*/}
    base=${base%%_*}
    awk -F"\t" '{print $1}' $file > $base.transcript_ids.txt
done

我假設第一個字段中可以有空格，因為您將分隔符明確設置為tab。 每個文件一次運行awk 。 有多種方法可以對所有文件運行一次awk ，但我不認為這樣做的好處是很大的。 您也可以考慮使用cut代替awk '{print $1}' 。 請注意，像直接使用ls一樣，不如直接使用globing令人滿意。 文件名中帶有奇數字符（空格，制表符等）的文件名會出錯。