使用降雪包，具有C-in-R功能的R中的並行計算。 問題：Mac顯示加載輪並幾乎死機

Question

我有一個包含C-within-R函數的R包，名為myFun。 我想在並行計算中將此稱為myFun。 此myFun本身在Mac上可以正常運行，但是通過並行計算功能sfClusterApplyLB調用時，它表現出奇怪的行為：我的Mac顯示裝載輪，R幾乎凍結。 稍后，R停止凍結，並且sfClusterApplyLB返回並行化的結果。 我真的想避免這種凍結情況，因為凍結時我什至無法上下滾動R Console！

為了說明這一點，我有一個小的示例代碼。

我有一個小的C代碼，它會循環100次，同時每20秒打印出一次迭代次數，並在每次迭代時休眠1秒：

 # include <R.h>
 # include <Rinternals.h>
 # include <Rmath.h>
 # include <R_ext/Linpack.h>
 # include <unistd.h>

 SEXP myC (SEXP j)
  {
   for (int i = 0; i < 100; i++)
      {
        R_FlushConsole(); 
        R_ProcessEvents();
        R_CheckUserInterrupt(); 
        sleep(1); // sleep one second at each iteration. this sleep is
        // replaced by something in my code
        if (i%20==0) Rprintf("\v%d iterations are done...",i);
    }
  return (R_NilValue);
  }

我創建了一個臨時R包“ myRpack”，其中包含此myC函數及其R包裝函數myFun，其定義為：

 myFun <- function(x)
   {
    .Call("myC",
       as.integer(x),
       "myRpack")
    }

通過終端中的命令R CMD INSTALL myRpack將“ myRpack”安裝到了我的Mac。

獨立運行myCfun函數可以正常工作。 查看，

 library(myRpack)
 myFun(1)

現在，我想使用降雪包並行計算此myFun。 這是用於此目的的並行計算的R代碼：

 library("snowfall")
 sfInit(parallel=TRUE,cpus=3,type="SOCK")
 x <- 1 : 100
 res.list <- sfClusterApplyLB(x,myFun)

然后R凍結！

PS我執行C-in-R函數（不使用並行計算）時遇到了這個問題。 我向Rcpp詢問了這個問題：Mac顯示加載輪並且幾乎凍結 。 那時候的解決方案是添加行

    R_FlushConsole(); 
    R_ProcessEvents();
    R_CheckUserInterrupt();  

在我的C文件中（我也在代碼中做了）。 但是，此解決方案在並行計算環境中無濟於事。

我將不勝感激任何幫助。

PSS即使我將myC函數定義為：

# include <R.h>
# include <Rinternals.h>
# include <Rmath.h>
# include <R_ext/Linpack.h>
# include <unistd.h>

SEXP myC (SEXP j)
{
  const int input=INTEGER(j)[0];
  Rprintf("\n input %d",input);
  for (int i = 0; i < 100; i++)
    {
  R_FlushConsole(); 
  R_ProcessEvents();
      R_CheckUserInterrupt(); 
  sleep(1); // sleep one second at each iteration. this sleep is
      // replaced by something in my code
  if (i%20==0) Rprintf("\v%d iterations are done...",i);
}
  return (R_NilValue);
}

存在問題。

Answer 1

我遇到了同樣的問題，偶然發現了一種可能無法解決您的問題的解決方法。

tl; dr：我意識到我正在運行的腳本會使用較低級別的C代碼並行調用這些函數，這些腳本將掛在R GUI中，並會在終端的R實例中正確執行（每個實例一次，以后的source() ing會掛起）。

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更多背景信息，對於面臨相同問題的其他人：我碰到了它，它並行地調用函數gbm.step()的dismo包。 我正在使用doParallel和foreach包對其進行並行化。 gbm.step（）函數使用C函數來擬合增強的回歸樹模型，當我並行運行它時，它會凍結（經檢查，CPU的大部分使用率是System，而不是User）。

我只是在Mavericks上開始遇到此問題，所以我想知道這是否與Mavericks的壓縮內存或類似問題有關。

（我的最終解決方法是開始在Linux服務器上運行此代碼，因此，請考慮它的價值。）

Answer 2

在您的myC函數中

SEXP myC（SEXP j）{

難道不應該將“ j”轉換為C變量嗎？