使用提供的R函數使用gsl_function

Question

我目前正在嘗試使用.cpp文件通過RcppGSL使用GSL庫中的gsl_function，並使用sourceCpp（）調用它。 這個想法是用同樣來自GSL的gsl_integration_qags執行數值積分。 我的C代碼調用了一個保存在全局環境中的用戶定義的R函數（下面的代碼中為SomeRFunction）。 代碼是：

#include <RcppGSL.h>
#include <stdio.h>
#include <math.h>
#include <gsl/gsl_integration.h>
#include <gsl/gsl_vector.h>

// [[Rcpp::depends(RcppGSL)]]
// [[Rcpp::export]]
double integfn1(double ub, double lb, double abserr, double Rsq, int pA){ 

  double result, abserror;
  Rcpp::Environment global = Rcpp::Environment::global_env();
  Rcpp::Function f1 = global["SomeRFunction"];

  struct my_f_params { double Rsq; int pA; };
  struct my_f_params params = { Rsq, pA };
  gsl_function F;
  F.function = & f1;
  F.params = &params;
  double lb1 =  lb;
  double ub1 = ub;

  gsl_integration_workspace * w = gsl_integration_workspace_alloc (1000);

  gsl_integration_qags (&F, lb1, ub1, 1e-8, 1e-8, 1000, w, &result, &abserror);

  printf ("result          = % .18f\n", result);
  printf ("estimated error = % .18f\n", abserror);

  gsl_integration_workspace_free (w);

  return result;
}

然后出現以下錯誤：

"cannot convert 'Rcpp::Function* {aka Rcpp::Function_Impl<Rcpp::PreserveStorage>*}' to 'double (*)(double, void*)' "

問題出在我聲明要集成的函數的行中（即“ F.function = & f1; ”）。

我查找了類似的問題，但找不到任何列出的內容...任何提示將不勝感激！

非常感謝

Answer 1

我創建了一個工作示例（並將其與C同步），在該示例中，您可以將任意用戶定義的R函數傳遞給GSL函數QAWF。 您也應該能夠將其推廣到其他gsl函數。

請參閱以下示例： https : //sites.google.com/site/andrassali/computing/user-supplied-functions-in-rcppgsl

如上所述，競爭的C實現要快得多。

Answer 2

快速評論：

1. 您這樣寫： 我的C代碼調用了一個保存在全局環境中的用戶定義的R函數（以下代碼中的SomeRFunction）。 所以，你的代碼將很多在每個功能評價仍然減慢由於調用R的成本，R的速度較慢

2. 我的RcppDE包（也用於優化）作為使用外部指針（ Rcpp::XPtr ）將用戶定義的C函數向下傳遞給優化器的示例。 同樣的靈活性。 更好的速度。

3. 您的編譯錯誤正好在該交集處-您不能“僅僅”將Rcpp對象傳遞給void指針。 Rcpp::XPtr在這里可以為您Rcpp::XPtr幫助，但是您也需要知道自己在做什么，因此，一個有效的示例可能會有所幫助。

4. 這確實是一個Rcpp問題，但是您沒有添加標簽，所以我做了。

Answer 3

F.function期望此簽名為double (*) (double x, void * params)的函數，因此該函數接受double然后是void* 。 如果您希望它飛起來，則需要幫助Rcpp::Function 。

這是典型的C api剝離類型。 因此，您需要作為function的東西可以理解您具有的params ，並能夠使用正確的參數調用R函數並轉換為雙精度型。 執行此操作的簡單方法是將R函數視為數據，因此請擴展struct使其類似於以下內容：

struct my_f_params { double Rsq; int pA; Function& rfun };

這樣，您作為function傳遞的function可能是這樣的：

double proxy_fun( double x, void* params ){
  my_f_params* data = reinterpret_cast<my_f_params*>(params) ;
  return as<double>( data->rfun(x, data->Rsq, data->pA ) ) ;
} ;

因此，您可以像下面這樣構建gsl_function ：

my_f_params params = { Rsq, pA, f1 };
gsl_function F ; 
F.function = &proxy_fun ;
F.params = &params;

通過使用一些C ++ 11可變參數模板和元組，您可以將其推廣到任何東西，而不是（ double ， int ）對，但這需要更多工作。