拆分一列然后求和並將求和推入perl中的數組

Question

我有一個看起來像這樣的文件：

LOCUS POS ALIAS VAR TEST P I DESC  
CCL23|disruptive chr17:34340329..34340854        .       2       BURDEN  1       0.43    0/1  
CCL23|disruptive     chr17:34340329..34340854        .       2       BURDEN  1       0.295   0/1  
CCL23|disruptive      chr17:34340329..34340854        .       2       BURDEN  1       0.005   1/1  
CCL23|disruptive     chr17:34340329..34340854        .       2       BURDEN  0.676617        0.005   1/0  

我想將最后一個字段除以“ /”，然后將這些數字求和，然后將總和推到另一列。 例如，我希望輸出看起來像：

CCL23|disruptive chr17:34340329..34340854        .       2       BURDEN  1       0.43    0/1 1  
CCL23|disruptive     chr17:34340329..34340854        .       2       BURDEN  1       0.295   0/1 1  
CCL23|disruptive      chr17:34340329..34340854        .       2       BURDEN  1       0.005   1/1 2  
CCL23|disruptive     chr17:34340329..34340854        .       2       BURDEN  0.676617        0.005   1/0 1  

我有以下代碼，但它不起作用：

#! perl -w

my $file1 = shift@ARGV;

my $NVAR=0;
my @vars;
open (IN, $file1) or die "couldn't read file one";
while(<IN>){
    my@L=split;
    next if ($L[0] =~ m/LOCUS/);
    my@counts=split /\//, $L[7];
    foreach (@counts){
        $NVAR=${$_}[0] + ${$_}[1];
    }

    push @vars,[$L[0],$L[1],$L[2],$L[3],$L[4],$L[5],$L[6],$L[7],$NVAR];
}

close IN;

print "LOCUS POS ALIAS NVAR TEST P I DESC SUM\n";
foreach(@vars){
    print "@{$_}\n";
}

任何幫助表示贊賞。

Answer 1

始終包括use strict; 並use warnings; 在每個腳本的頂部。

將變量限制在最小范圍內，因為在while循環之外聲明$NVAR引入一個錯誤。 您的總和可以通過以下方式固定：

my $NVAR = 0;
foreach (@counts){
    #$NVAR=${$_}[0] + ${$_}[1];  <-- this was bad.
    $NVAR += $_;
}

但是，可以使用perl oneliner解決此問題

perl -MList::Util=sum -lane 'push @F, sum split "/", $F[-1]; print "@F"' file.txt 

或者，如果您有標題行：

perl -MList::Util=sum -lane '
        push @F, $. == 1 ? "SUM" : sum split "/", $F[-1];
        print "@F"
    ' file.txt 

注意，您也可以在腳本中使用List::Util sum 。