R 3.1.0無法安裝Bioconductor軟件包

Question

更新

我在下面發布了工作修補程序。 它不能完全解決問題，但是可以解決。 我仍然希望它能正常工作，所以如果有人添加更好的解決方案，我會選擇它！

問題

我正在嘗試在R中設置環境變量，以便通過代理進行連接，但是我似乎無濟於事。 （編輯：我已經完成了在其他類似帖子中發現的所有建議，通常是通過以某種方式設置http_proxy或變體）

這是我的sessionInfo()

> sessionInfo()
R version 3.1.0 (2014-04-10)
Platform: x86_64-apple-darwin13.1.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.1.0

我努力了：

1. 在.Renviron和.Rprofile中設置“ http_proxy”（包括所有大寫字母和https變體）
2. 在終端中設置代理變量。
3. 通過Sys.setenv(http_proxy="SERVER:PORT")設置代理變量
4. 以上所有對於RStudio和命令行R

但是，該變量尚未設置： 編輯：Martin Morgan指出，在getenv調用中需要引用。 變量已設置。

> Sys.getenv(http_proxy)
[1] ""
> Sys.setenv(http_proxy="SERVER:PORT")
> Sys.getenv(http_proxy)
[1] ""

盡管如此，它似乎能夠連接到代理，但是無論我做什么，我都會得到以下變化：

> options(internet.info=0)
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 
  cannot open the connection
In addition: Warning messages:
1: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  connected to 'SERVER' on port PORT.
2: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  -> (Proxy) GET http://bioconductor.org/biocLite.R HTTP/1.0
Host: bioconductor.org
Pragma: no-cache
User-Agent: R (3.0.3 x86_64-apple-darwin13.1.0 x86_64 darwin13.1.0)

3: In file(filename, "r", encoding = encoding) : <- HTTP/1.1 404 Not Found
4: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  <- Content-Type: text/html
5: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  <- Date: Wed, 14 May 2014 18:10:32 GMT
6: In file(filename, "r", encoding = encoding) : <- Connection: close
7: In file(filename, "r", encoding = encoding) : <- Server: mwg-ui
8: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  Code 404, content-type 'text/html'
9: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  cannot open: HTTP status was '404 Not Found'

您會注意到，在上述情況下，我收到404錯誤； 但是，我可以（並且確實）在瀏覽器中訪問文件。 我也嘗試運行它：

> source("~/Downloads/biocLite.R")
Warning: unable to access index for repository http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib
'biocLite.R' failed to install 'BiocInstaller', use
  'install.packages("BiocInstaller",
  repos="http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc")'
Warning message:
package ‘BiocInstaller’ is not available (for R version 3.1.0) 
> install.packages("BiocInstaller",
+   repos="http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc")
Warning: unable to access index for repository http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib
Warning message:
package ‘BiocInstaller’ is not available (for R version 3.1.0) 

更新：嘗試通過wget和curl從命令行下載http://bioconductor.org/biocLite.R 。 效果很好。

更新：根據不同來源的建議，我嘗試了幾件事。

1. 在.Renviron文件中的值.Renviron單引號，即“ http_proxy ='SERVER：PORT'。 這改變了一些東西，但仍然沒有成功。 另外，我發現url引號需要加倍。

   source（' http://bioconductor.org/biocLite.R '）文件錯誤（文件名“ r”，編碼=編碼）：無法打開連接源（“ http://bioconductor.org/biocLite.R “ ）警告：無法訪問存儲庫http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib'biocLite.R '的索引無法安裝'BiocInstaller'，請使用'install.packages（“ BiocInstaller”， repos =“ http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc”）'警告消息：軟件包'BiocInstaller'不可用（對於R版本3.1.0）

2. 使用一個空的.Renviron文件和一個新的終端，運行R --vanilla並安裝。 目的是確保需要設置代理。 確實如此。

   source（' http://bioconductor.org/biocLite.R '）文件錯誤（文件名，“ r”，編碼=編碼）：無法打開連接另外：警告消息：在文件（文件名，“ r”，編碼=編碼）：無法在端口PORT上連接到“ bioconductor.org”。

3. 在Sys.getenv調用周圍使用引號：[有效，但不能解決問題]

   Sys.getenv（“ http_proxy”）[1]“ http：//服務器：端口/”

Answer 1

感謝@zhanxw的評論，我再次查看了正在發生的事情，並且我意識到盡管正在訪問代理服務器，但是R使用了錯誤的端口。

原因如下： http_proxy的末尾有一個額外的正http_proxy （我假設），這導致R錯誤地解析了環境變量。 http_proxy =“ http：// [SERVER]：[PORT] /”一旦刪除了尾隨的前斜杠，它就可以正常工作。

以下是我發布的原始“解決方案”。

---

解決方法，但不是完整的解決方案：

options(download.file.method="wget")

這仍然不能解決原始問題：

source（“ http://bioconductor.org/biocLite.R ”）文件錯誤（文件名“ r”，編碼=編碼）：無法打開連接

但這確實允許使用其他方法：

> install.packages("BiocInstaller", repos="http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc")--2014-05-14 16:08:18--  http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.14.2.tar.gz
Resolving SERVER... IP, IP, IP, ...
Connecting to SERVER|IP|:PORT... connected.
Proxy request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 14053 (14K) [application/x-gzip]
Saving to: '/var/folders/p1/5gstd7bn1hb1t8pd6b7bp5n00000gp/T//RtmpFm0GR3/downloaded_packages/BiocInstaller_1.14.2.tar.gz'

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