在bash腳本中的變量上運行sed

Question

對於一個看似無知的問題表示歉意。 但是我花了一整天的時間試圖弄清楚它，它使我無法自拔。 我正在嘗試編寫一個看似簡單的bash腳本，該腳本將從ls中獲取目錄中的文件列表，使用sed替換部分文件名，從列表中獲取唯一名稱，然后將其傳遞給某些命令。 像這樣：

inputs=`ls *.ext`
echo $inputs
test1_R1.ext  test1_R2.ext  test2_R1.ext  test2_R2.ext

現在，我想通過sed將其替換為*，以將1.ext和2.ext替換為test1_R *等。然后，我想通過運行sort -u到達以下$ outputs變量來刪除結果重復項：

echo $outputs
test1_R* test2_R*

並將其傳遞給命令，像這樣

cat $outputs

我可以在命令行中執行以下操作：

ls *.ext | sed s/..ext/\*/g | sort -u

但是，如果我嘗試將上述內容分配給腳本中的變量，它只會返回ls的輸出。 我嘗試了幾種方法來做到這一點：在腳本中包括整個管道。 分別運行每個命令並將其分配給變量，然后將該變量傳遞給下一個命令，並將輸出寫入文件，然后將文件傳遞給下一個命令。 但是到目前為止，這些都沒有實現我的目標。 我認為我的問題出在（除了一般的無知bash腳本之外）無法在腳本中的變量上運行seq。 關於如何在sed中將變量傳遞給模式或替換字符串，似乎有很多建議，但是它們似乎都以文件作為輸入。 但是我知道這可能不是正確的方法。 因此，如果有人能提出一種優雅的實現方式，我將非常感激。

非常感謝！

更新2/06/2014

嗨，巴爾瑪，謝謝您的回答。 不能說它解決了問題，但它有助於查明問題。 似乎問題出在我使用星號。 我不得不說，我很困惑。 我得到的實際文件名是：

test1_R1.fastq.gz test1_R2.fastq.gz test2_R1.fastq.gz test2_R2.fastq.gz

如果我使用的是您建議的代碼，對我來說似乎是正確的方法：

ins=$(ls *.fastq.gz | sed 's/..fastq.gz/\\*/g' | sort -u)

Sed似乎什么也沒做，我得到的是ls的輸出：

test1_R1.fastq.gz test1_R2.fastq.gz test2_R1.fastq.gz test2_R2.fastq.gz

現在，如果我將反斜杠替換為其他任何東西，則sed可以正常工作，但它還會返回我在星號前面（或后面）加上的任何字符：

ins=$(ls *.fastq.gz | sed 's/..fastq.gz/"*/g' | sort -u)
test1_R"* test2_R"*

這很奇怪，但是可以肯定的是，我可以在星號前面放一個“ R”，然后在搜索模式字符串中替換R，對嗎？ 錯誤！ 如果我以任何方式進行操作： 's/R..fastq.gz/R*/g' 's/...fastq.gz/R*/g' 's/[AZ]..fastq.gz/R*/g'我又回到了原來的名字！ 即使我最終得到類似test1_RR* test2_RR*並嘗試再次通過sed運行它，並用"_R"代替"_"或"RR"代替"R" ，我還是沒有運氣，我回來了保留原始名稱。 但是我可以替換其余的文件名沒有問題，只是不要讓我需要我的test1_R* 。

我覺得我應該以某種非常聰明的方式來逃避*，但是我嘗試過的任何事情似乎都沒有用。 再次感謝你的幫助！

Answer 1

這是您如何在變量中捕獲整個管道的結果的方式：

var=$(ls *.ext | sed s/..ext/\*/g | sort -u)