通過cmd中的Python運行工具無需等待

Question

我正在cmd通過Python運行工具。 對於給定目錄中的每個樣本，我希望該工具執行某些操作。 但是，當我在循環中使用process = subprocess.Popen(command)時，這些命令不會等到其完成后立即出現10條提示。 當我使用subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE)該命令仍保持黑色，我看不到進度，盡管它確實等到命令完成。

有誰知道一種如何通過cmd Python調用外部工具的方法，該方法會等到命令完成並能夠在cmd顯示該工具的進度后，再執行此操作？

#main.py
        for sample in os.listdir(os.getcwd()):
            if ".fastq" in sample and '_R1_' in sample and "Temp" not in sample:
                print time.strftime("%H:%M:%S")
                DNA_Bowtie2.DNA_Bowtie2(os.getcwd()+'\\'+sample+'\\'+sample)

#DNA_Bowtie2.py
            # Run Bowtie2 command and wait for process to be finished.
            process = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE)
            process.wait()
            process.stdout.read()

編輯：命令= Perl或Java命令。 使用以上化妝，由於提示（Perl窗口或Java窗口）保持黑色，因此我看不到工具輸出。

Answer 1

看來您的子流程是分叉的，否則，在流程完成之前，wait（）將無法返回。

Answer 2

這里的順序很重要：首先讀取輸出，然后等待。

如果您這樣做：

process.wait()
process.stdout.read()

如果管道緩沖區已滿，您可能會遇到死鎖：子進程在等待stdout時阻塞，並且永遠不會到達末尾；您的程序在wait() ，阻塞而永遠不會到達read() 。

改為

process.stdout.read()
process.wait()

直到EOF為止。

如果您根本不需要該過程的標准輸出，這將適用。

如果您不希望這樣做，則應省略stdout=PIPE內容。 然后將輸出定向到該提示窗口。 然后，您也可以省略process.stdout.read() 。

通常， process.wait()應該防止立即運行10個實例。 如果那不起作用，我不知道為什么不...