適用於Python的Perl的Linux命令

Question

我正在嘗試使用Python（v2.6）中的Perl（v5.10.1）這個Linux命令

perl tilt.pl *.pdb > final.txt

我該怎么做才能將Perl腳本應用於每個PDB文件，最好的例子是？

我當前的腳本是這樣的：

import shlex, subprocess
arg_str = "perl tilt.pl frames > final.txt"
arg = shlex.split(arg_str)

print(arg)

import os
framespdb = os.listdir("prac_frames")

for frames in framespdb:
        subprocess.Popen(arg, stdout=True)

Answer 1

您可以使用shell=True

順便說一句：我認為您嘗試在命令中將可變frames替換為文本frames ，因此我使用%s和line % frames來做到這一點。

import os
import subprocess

line = "perl tilt.pl %s > final.txt"

framespdb = os.listdir("prac_frames")

for frames in framespdb:
    cmd = line % frames
    print(cmd)
    subprocess.Popen(cmd, shell=True)

---

編輯：如果您需要不同文件中的結果，則可以再次使用%s向命令添加唯一的文件名-例如：

import os
import subprocess

line = "perl tilt.pl %s > final-%s.txt" # second `%s`

framespdb = os.listdir("prac_frames")

for frames in framespdb:
    cmd = line % (frames, frames) # second `frames`
    print(cmd)
    subprocess.Popen(cmd, shell=True)

---

編輯：通常在外殼中，您可以在屏幕上發送結果或將其重定向到file > file.txt 。 要在屏幕上獲取文本並將其保存在文件中，您需要shell命令tee和python命令subprocess.check_output() ：

import os
import subprocess

line = "perl tilt.pl %s | tee final-%s.txt"

framespdb = os.listdir("prac_frames")


for frames in framespdb:
    cmd = line % (frames, frames)
    print(cmd)
    output = subprocess.check_output(cmd, shell=True)
    print 'output:', output

Answer 2

如果覆蓋shell參數，則可以像從shell一樣調用子進程：

subprocess.call(arg_str, shell=True)