Python從文本文件存儲和打印數據

Question

我正在嘗試一個Python腳本，該腳本從用戶那里獲取某些字母的序列（A，C，G和T），並打印A，C，G和T的百分比。

例如，如果用戶鍵入AGGTGACCCT，則輸出應為A：20 C：30 G：30 T：20

我對Java有相當的經驗，但是對Python還是陌生的。 我沒有像在Java中那樣使用掃描儀。 我嘗試搜索參考庫，但無法真正找出任何答案。

Answer 1

collections.Counter是一個非常方便的工具，值得您開始使用python學習。

from collections import Counter

inp = input("Enter letters") # input() if using python 3

l = len(inp.strip()) # get length of input string ,inp.strip() removes any whitespace, just use len(inp) if you want to include

c = Counter(inp)

for char in c:
    c[char] = c[char] * 100 / l  # don't need to cast as float for python 3
print (c)
Counter({'C': 30.0, 'G': 30.0, 'A': 20.0, 'T': 20.0})

有一個具有DictWriter的模塊csv ，該DictWriter能夠將數據寫入文件。

Answer 2

您可以直接從標准輸入流sys.stdin ，如下所示：

$ cat read.py 
import sys

userin = sys.stdin.read()
print [c for c in userin]

$ python read.py 
HELLO
['H', 'E', 'L', 'L', 'O', '\n']

然后，您可以將文本文件通過管道傳遞到stdin，例如：

$ cat input.txt 
HELLO
$ python read.py < input.txt 
['H', 'E', 'L', 'L', 'O', '\n']

或者，如果您想直接讀取文件：

>>> import io
>>> with io.open('input.txt', mode='rb') as f:
...     print [c for c in f.read()]
... 
['H', 'E', 'L', 'L', 'O', '\n']

Answer 3

如果您可以將序列保存在以逗號分隔的文件（csv）中，則可以執行以下操作：

import pandas as pd

sequence = pd.read_csv(file_name)
As = 0
Cs = 0
Gs = 0
Ts = 0
total = len(sequence)

for letter in sequence:
    if letter == 'A':
        As += 1.0
    elif letter == 'C':
        Cs += 1.0
    elif letter == 'G':
        Gs += 1.0
    elif letter == 'T':
        Ts += 1.0

percent_A = As/total
percent_C = As/total
percent_T = As/total
percent_G = As/total

要么：

import pandas as pd

sequence_list = []
sequence = pd.read_csv(file_name)
for letter in sequence:
    sequence_list.append(letter)

As = sequence_list.count('A')
Cs = sequence_list.count('C')
Gs = sequence_list.count('G')
Ts = sequence_list.count('T')

total = len(sequence_list)

percent_A = As/total
percent_C = As/total
percent_T = As/total
percent_G = As/total

這種通用結構也適用於tsv。