[英]Python - parse a line of text
我從文本文件輸入以下內容:
Title Value Position Perturbation 1.5 0.6 8.5 9.8 0 8.5 9.6 0.5 0.6 (...)
Title Value Position Perturbation 3 1.5 6 0 0.8 9.7 5.3 9.9 0.7 0.9 (...)
我想刪除前4列,並刪除帶有數字的列,我想每4個值對子集進行一次更改,並更改第二個值的第3個值的位置並刪除第四個值,因此,輸出應如下所示:
1.5 8.5 0.6 0 9.6 8.5 0.6 (...)
3 6 1.5 0.8 5.3 9.7 0.7 (...)
為此,我編寫了以下Python代碼:
import sys
input_file= open (sys.argv[1],'r')
output_file= open (sys.argv[2], 'w')
with open(sys.argv[1]) as input_file:
for i, line in enumerate(input_file):
output_file.write ('\n')
marker_info= line.split()
#snp= marker_info[0]
end= len(marker_info)
x=4
y=8
# while y<=len(marker_info):
while x<=end:
intensities= marker_info[x:y]
AA= intensities[0]
BB= intensities[1]
AB= intensities[2]
NN= intensities[3]
output_file.write ('%s' '\t' '%s' '\t' '%s' '\t' % (AA, AB, BB))
x= y
y= x + 4
input_file.close()
output_file.close()
該代碼似乎可以正常工作,但問題是每一行都缺少最后四個值。 因此,我想問題出在“ while”語句中……但是我不知道如何解決(我知道這似乎是一個簡單的問題)。
在此先感謝您的任何建議。
嘗試這個:
1.打開csv之類的文件並剝離標簽
2.生成所需大小的子列表
3.進行交換並刪除尾隨元素
4.保存輸出(我已經完成了一個列表,但是可以使用輸出文件來完成)
>>> import csv
>>> output = []
>>> with open('sample.csv') as input:
... reader = csv.reader(input, delimiter=' ')
... for line in reader:
... line = line[4:] #strip labels
... slice_size = 4
... for slice_idx in range(0,len(line),slice_size):
... sublist = line[slice_idx : slice_idx+slice_size]
... if len(sublist) == slice_size:
... swap = sublist[2]
... sublist[2] = sublist[1]
... sublist[1] = swap
... output.append(sublist[:slice_size-1])
...
>>>
>>> output
[['1.5', '8.5', '0.6'], ['0', '9.6', '8.5'], ['3', '6', '1.5'], ['0.8', '5.3', '9.7']]
試試這個,它全部基於您的腳本,除了while表達式和打開文件方法。 輸入文件 :
Title Value Position Perturbation 1.5 0.6 8.5 9.8 0 8.5 9.6 0.5 0.6 1.1 2.2 3.3
Title Value Position Perturbation 3 1.5 6 0 0.8 9.7 5.3 9.9 0.7 0.9 1.1 2.2
Title Value Position Perturbation 3.1 2.5 1.6 0 1.8 2.7 4.3 6.9 3.7 1.9 2.1 3.2
劇本:
with open("parser.txt", "r") as input_file, open("output_parser.txt","w") as output_file:
for i, line in enumerate(input_file):
output_file.write ('\n')
marker_info= line.split()
end= len(marker_info)
x=4
y=8
while y<=end: #x<=end:
intensities= marker_info[x:y]
AA= intensities[0]
BB= intensities[1]
AB= intensities[2]
NN= intensities[3]
output_file.write ('%s' '\t' '%s' '\t' '%s' '\t' % (AA, AB, BB))
print end, x, y, marker_info[x:y], AA, AB, BB
x= y
y= x + 4
輸出:
1.5 8.5 0.6 0 9.6 8.5 0.6 2.2 1.1
3 6 1.5 0.8 5.3 9.7 0.7 1.1 0.9
3.1 1.6 2.5 1.8 4.3 2.7 3.7 2.1 1.9
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