Rstudio中的Rstudio knit pdf loadNamespace（name）：沒有名為'rmarkdown'的包

Question

我剛剛更新到Rstudio版本0.98.1074。 當我嘗試使用帶腳本的編譯筆記本或使用帶有.rmd的Knit pdf時，我得到了

loadNamespace錯誤：沒有名為'rmarkdown'的包

但我可以輸入rmarkdown::render("filename.rmd") ，它將呈現文檔。 我刪除了rmarkdown並重新安裝了RStudio並沒有幫助。 我已經更新了所有的包，我正在使用R3.1.1。

這是一個小小的不便，因為我有一個解決方法，但我想發布，以防有​​一個我找不到的解決方案。

Answer 1

在Cygwin中嘗試在Windows上使用Rmarkdown時，我收到了幾乎完全相同的錯誤：

loadNamespace(name): there is no package called 'rmarkdown'

Rstudio中的一切都運行正常，但是當我嘗試在Cygwin中自動.Rmd一些.Rmd文件時，它們無法正常工作。

我在Rstudio中的庫路徑：

.libPaths()
[1] "C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3" "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library"

我在運行C:\\Program Files\\R\\R-3.3.2\\bin\\R.exe時在Cygwin中報告的庫路徑：

.libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library"

問題：

• 當Rstudio以非管理員模式運行時，它無法在C:/Program Files/R/R-3.3.2/library寫入任何內容，因為此目錄是寫保護的。
• 因此，Rstudio將新包寫入用戶配置文件目錄，該目錄是可自由寫入的。
• 但是，Cygwin不知道用戶的配置文件目錄，因此無法找到所有新安裝的軟件包。

解決方案是在Cygwin中設置此環境變量：

export R_LIB=C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3

現在，Cygwin報告的路徑是：

.libPaths()
[1] "C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3" "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library"

現在，我可以在Cygwin中調用bash腳本來自動.Rmd files 。