R循環打開文件

Question

我試圖運行一個簡單的5行命令，但超過9000個不同文件。 我寫了以下for循環

setwd("/Users/morandin/Desktop/Test")
output_file<- ("output_file.txt")
files <- list.files("/Users/morandin/Desktop/Test")
for(i in files) {
  chem.w.in <- scan(i, sep=",")
  pruned.tree<-drop.tip(mytree,which(chem.w.in %in% NA))  
  plot(pruned.tree)
  pruned.tree.ja.chem.w.in <- phylo4d(pruned.tree, c(na.omit(chem.w.in)))
  plot(pruned.tree.ja.chem.w.in) 
  out <- abouheif.moran(pruned.tree.ja.chem.w.in)
  print(out)
}

嘿，我在編輯我的問題：上面的代碼現在完美地完成了for循環（感謝您的所有幫助）。 我的輸出仍然有問題。

我可以通過bash命令使用R重定向整個輸出，但是我需要已處理文件的名稱。 我的輸出如下所示：

class: krandtest 
Monte-Carlo tests
Call: as.krandtest(sim = matrix(res$result, ncol = nvar, byrow = TRUE), 
    obs = res$obs, alter = alter, names = test.names)

Number of tests:   1 

Adjustment method for multiple comparisons:   none 
Permutation number:   999 
  Test       Obs   Std.Obs   Alter Pvalue
1   dt 0.1458514 0.7976225 greater    0.2

other elements: adj.method call

有沒有一種方法可以打印Pvalue結果和文件名（元素i）？

謝謝

Answer 1

我懷疑這里出了list.files() ，默認情況下list.files()返回僅文件名的列表，而不返回文件的完整路徑。 將full.names設置為TRUE將解決此問題。 請注意，您不必添加txt將文件名添加為list.files()已經返回了現有文件的完整路徑。

Answer 2

由於Paul Hiemstra的答案回答了＃1，因此這是＃2的答案，假設“答案”是指“ abouheif.moran(pruned.tree.ja.chem.w.in)的打印輸出”。

將cat()與參數append = true 。 例如：

output_file = "my_output_file.txt"
for(i in files) {
    # do stuff
    # make plots
    out <- abouheif.moran(pruned.tree.ja.chem.w.in)
    out <- sprintf("-------\n  %s:\n-------\n%s\n\n", i, out)
    cat(out, file = output_file, append = TRUE)
}

這將產生一個名為my_output_file.txt的文件，如下所示：

-------
file_1:
-------
output_goes_here

-------
file_2:
-------
output_goes_here

顯然，格式完全取決於您； 我只是想展示在這里可以做什么。

一種替代解決方案是將整個腳本sink() ，但是我寧願對此進行明確說明。 中間的道路可能是只sink()一小部分代碼，但在極端情況下，則是偏好或樣式問題。