__init__外的python中的libSBML分段錯誤

Question

我正在嘗試使用python（2.x）中的libSBML將模型導出為一些自定義表示形式，但遇到了一個我不理解的錯誤。 在init方法中，我可以訪問從模型（self.sbSpecies）中提取的物種列表，但是在任何其他方法中嘗試執行相同操作都會導致分割錯誤。 這是最小的示例（需要從此歸檔文件“ yeast_7.11.xml”文件： yest7.11 ）：

#! /usr/bin/env python

from libsbml import *

class Exporter(object):
    def __init__(self, path_to_file):
        reader = SBMLReader()
        sbmldoc = reader.readSBMLFromFile(path_to_file)
        self.sbModel = sbmldoc.getModel()
        self.sbSpecies = [x for x in self.sbModel.getListOfSpecies()]
        print 'init:', self.sbSpecies[0]

    def debug(self):
        print 'debug:', self.sbSpecies[0]

exporter = Exporter('yeast_7.11.xml')
species = exporter.debug()

試圖運行它給我：

$ ./minimal_example.py 
init: <Species s_0001 "(1->3)-beta-D-glucan [cell envelope]">
Segmentation fault

來自gdb（我不懂C或C ++，所以我無法真正理解正在發生的事情）

(gdb) run ./minimal_example.py
Starting program: /usr/bin/python ./minimal_example.py
[Thread debugging using libthread_db enabled]
Using host libthread_db library "/lib/x86_64-linux-gnu/libthread_db.so.1".
init: <Species s_0001 "(1->3)-beta-D-glucan [cell envelope]">

Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
0x00007ffff5ebffe0 in ?? () from /usr/lib/python2.7/dist-packages/libsbml/_libsbml.so
(gdb) backtrace
#0  0x00007ffff5ebffe0 in ?? () from /usr/lib/python2.7/dist-packages/libsbml/_libsbml.so
#1  0x0000000000502be0 in PyObject_CallFunction ()
#2  0x00000000004f8aa9 in _PyObject_GenericGetAttrWithDict ()
#3  0x00000000004ce145 in ?? ()
#4  0x00000000004cd95f in ?? ()
#5  0x000000000052c6d5 in PyEval_EvalFrameEx ()
#6  0x000000000056d0aa in ?? ()
#7  0x00000000004d9854 in ?? ()
#8  0x00000000004da29f in PyEval_CallObjectWithKeywords ()
#9  0x0000000000599269 in ?? ()
#10 0x00000000005165dc in PyObject_Str ()
#11 0x00000000005b52e3 in ?? ()
#12 0x000000000051694b in PyFile_WriteObject ()
#13 0x000000000052ffdd in PyEval_EvalFrameEx ()
#14 0x000000000052cf32 in PyEval_EvalFrameEx ()
#15 0x000000000055c594 in PyEval_EvalCodeEx ()
#16 0x00000000005b7392 in PyEval_EvalCode ()
#17 0x0000000000469663 in ?? ()
#18 0x00000000004699e3 in PyRun_FileExFlags ()
#19 0x0000000000469f1c in PyRun_SimpleFileExFlags ()
#20 0x000000000046ab81 in Py_Main ()
#21 0x00007ffff7817ec5 in __libc_start_main () from /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6
#22 0x000000000057497e in _start ()

有什么想法為什么要通過不同的方法訪問同一對象（self.sbSpecies列表）會導致如此不同的行為？ 我該如何解決（除了扔掉對象之外）？

Answer 1

我設法通過添加自我解決了這個問題。 到sbmldoc。

似乎self.sbSpecies中的libSBML對象仍然指向sbmldoc中的某物，但是python由於某種原因無法跟蹤該事件，並且會破壞sbmldoc，除非被告知不要這樣做。