程序可以在終端上正常運行，但是不能在Shell腳本中運行

Question

我在Linux Mint上。

我有一個名為samtools的程序，它存儲在桌面上的文件夾中。 我已將可執行文件的路徑添加到$ PATH變量中。 換句話說，我的本地〜/ .bashrc文件中有一行：

export PATH="~/Desktop/samtools/samtools-1.1:$PATH"

名為samtools的可執行文件在此文件夾中。

因此，當我嘗試從命令行（如簡單命令）啟動它時，只需鍵入“ samtools”即可。 當我在命令行中鍵入可執行文件的直接路徑時，它也起作用。

但是，當我嘗試從shell腳本啟動它時，它不會啟動，並說沒有找到這樣的文件或目錄。

實際上，我正在嘗試使用另一種使用一些Shell腳本預處理某些數據的軟件。 我收到的錯誤如下所示：

Indexing...
./RD_capture//process_one_capture.sh: 17: ./RD_capture//process_one_capture.sh: samtools: not found
 Sorting...
 ./RD_capture//process_one_capture.sh: 20: ./RD_capture//process_one_capture.sh: samtools: not found
 Piling up...
./RD_capture//process_one_capture.sh: 23: ./RD_capture//process_one_capture.sh: samtools: not found

Shell代碼如下所示：

echo "Indexing..."
samtools index $INPUTDIR/$sample.bam
#Then we sort them
echo "Sorting..."
samtools sort $INPUTDIR/$sample.bam $TMPDIR/$sample.sorted
#Finally we pile them up
echo "Piling up..."
samtools mpileup $TMPDIR/$sample.sorted.bam | cut -f 1-4 > $OUTPUT/$(basename $sample .bam).pile

誰能幫我解決這個問題？

Answer 1

看來Linux無法找到samtools 。

解決此問題的方法：在一開始就聲明這一點（將pwd更改為從pwd指向可執行文件的路徑）

export set CURRENT_DIR=`pwd`

並在調用samtools時使用

$CURRENT_DIR/samtools

注意1：當Shell腳本從/usr/bin/sh執行時，您有責任告訴Shell腳本確切的路徑。 嘗試使用命令在控制台上回顯路徑，如果這樣做沒有幫助，如下所示：

echo `pwd`

注意2：上方反引號的使用位於鍵盤左上角。

注意3： export set用於在Shell腳本中存儲全局變量，以便此命令之后出現的命令可以使用此變量並在需要時進行更新。