安裝和運行rcpp時出錯

Question

我對R很陌生，所以對一個愚蠢的問題道歉。 我正在嘗試讓rcpp運行，但我陷入無休止的R循環中，要求我重新安裝RTools。

我廣泛地關注了這篇博客文章中的代碼，雖然第一次關閉我手動安裝了所有東西，然后我重新安裝了幾次。 我正在運行Windows 7，R版本3.1.2，R Studio版本0.98.1091（不是這應該很重要）和RTools 3.1。

我的控制台外觀的編輯亮點如下：

> library(installr) 
Welcome to installr version 0.15.3...

> install.Rtools()
Loading required package: devtools
No need to install Rtools - You've got the relevant version of Rtools installed

> find_rtools()
[1] TRUE

> library(Rcpp)
> evalCpp("1+1")

Error in sourceCpp(code = code, env = env, rebuild = rebuild, showOutput = showOutput,  :
Error 65535 occurred building shared library.

此時彈出一個對話框說：

安裝構建工具為R編譯C / C ++代碼需要安裝其他構建工具。 您想立即安裝其他工具嗎？

然后我被指示從頭再次下載並重新安裝RTools 3.1。

我已經看到這可能是PATH變量的問題，但我嘗試了各種各樣的事情，包括：

1. PATH變量中沒有（額外的）
2. 包括對R（C：\\ Program Files \\ R \\ R-3.1.2 \\ bin \\ x64）和RTools（C：\\ RBuildTools \\ 3.1 \\ bin; C：\\ RBuildTools \\ 3.1 \\ gcc-4.6.3 \\ bin）的引用;）在PATH中。 一次使用RTools，一次使用R first
3. 在PATH中只包含對RTools的引用，作為初始安裝文件指示我做。

任何關於嘗試的事情的想法都將被感激地接受！

編輯

根據Dirk的評論，看起來我可能對如何安裝RTools有疑問。 我已經按照幾個博客/教程中有關如何安裝RTools的說明進行操作; 一切都沒有用（還是！）

此GitHub頁面提供了有關如何安裝和檢查安裝是否有效的一些說明。 我已經按照所有檢查（見下面的控制台副本）看起來我有一個工作安裝的RTools，但當我嘗試再次運行evalCPP()時，我得到的錯誤與指示我安裝RTools之前一樣。

> Sys.getenv('PATH')
[1] "C:\\Program Files\\R\\R-3.1.2\\bin\\x64;C:\\RTools\\bin;C:\\RTools\\gcc-4.6.3\\bin;C:\\WINDOWS\\system32;C:\\WINDOWS;C:\\WINDOWS\\System32\\Wbem;C:\\WINDOWS\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\;C:\\Program Files (x86)\\Enterprise Vault\\EVClient\\;C:\\Program Files (x86)\\Microsoft SQL Server\\100\\Tools\\Binn\\VSShell\\Common7\\IDE\\;C:\\Program Files (x86)\\Microsoft SQL Server\\100\\Tools\\Binn\\;C:\\Program Files\\Microsoft SQL Server\\100\\Tools\\Binn\\;C:\\Program Files (x86)\\Microsoft SQL Server\\100\\DTS\\Binn\\;C:\\Program Files (x86)\\Microsoft Visual Studio 9.0\\Common7\\IDE\\PrivateAssemblies\\;C:\\Program Files\\Microsoft SQL Server\\110\\Tools\\Binn\\;C:\\Program Files\\Microsoft\\Web Platform Installer\\;C:\\Program Files (x86)\\Microsoft SDKs\\TypeScript\\1.0\\;C:\\Program Files\\Microsoft SQL Server\\100\\DTS\\Binn\\"
Warning message:
printing of extremely long output is truncated

> system('g++ -v')
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=C:\RTools\GCC-46~1.3\bin\G__~1.EXE
COLLECT_LTO_WRAPPER=c:/rtools/gcc-46~1.3/bin/../libexec/gcc/i686-w64-mingw32/4.6.3/lto-wrapper.exe
Target: i686-w64-mingw32
Configured with: /data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/src/gcc/configure --host=i686-w64-mingw32 --build=x86_64-linux-gnu --target=i686-w64-mingw32 --with-sysroot=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/mingw32 --prefix=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/mingw32 --with-gmp=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --with-mpfr=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --with-mpc=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --disable-shared --enable-static --enable-targets=all --enable-languages=c,c++,fortran --enable-libgomp --enable-sjlj-exceptions --enable-fully-dynamic-string --disable-nls --disable-werror --enable-checking=release --disable-win32-registry --disable-rpath --disable-werror CFLAGS='-O2 -mtune=core2 -fomit-frame-pointer' LDFLAGS=
Thread model: win32
gcc version 4.6.3 20111208 (prerelease) (GCC) 

> system('where make')
C:\Rtools\bin\make.exe

我還看了R安裝和管理員的附錄D. 我在這里看不到任何東西我除了第D.4節之外我還沒有嘗試過，這意味着我可能需要使用我安裝的RTools從源代碼重建rcpp。 我沒有時間立即這樣做，但除非人們說這條路線不值得我花時間，否則會試一試。

編輯v2

所以我嘗試從源代碼構建rcpp ......這也不起作用。 我從CRAN Rcpp包頁面下載了包源代碼和Windows二進制文件。 在R控制台中，我現在得到：

> install.packages(pkgs = "C:/Rcpp_0.11.4.tar.gz", repos = NULL, contriburl = NULL, type = "source", verbose = TRUE)
Installing package into ‘C:/Users/james.macadie/Documents/R/win-library/3.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
system (cmd0): C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/bin/x64/R CMD INSTALL
Warning in install.packages :
  package ‘C:/Rcpp_0.11.4.tar.gz’ is not available (for R version 3.1.2)

我想我的積極問題現在歸結為：

• 閱讀上面的所有帖子，任何人都可以告訴我如何解決問題，這樣才有效嗎？ 或者，失敗了......
• 我可以運行哪些測試來檢查我是否確實安裝了Rtools？ 我在互聯網上發現的一切都表明我做了： system('where make')等等。然而，無法運行evalCpp或其他rccp功能的證據表明我沒有。
• 從源代碼構建時我做錯了什么？ 我應該嘗試命令行選項嗎？

編輯v3

使用showOutput= TRUE和verbose = TRUE運行evalCpp我想我已經將錯誤追溯到R CMD SHLIB無效。 我按照這個博客 ，展示了如何直接使用命令行R. 然而，當我到達R CMD SHLIB sequence_examples.c ，執行只是直接跳到下一個命令行而不做任何事情，生成目錄中的任何文件或拋出任何錯誤。 我嘗試在命令行運行--help選項，但得到同樣的錯誤：

C:\Users\james.macadie> R --help


Or: R CMD command args

where 'command' is one of:
  INSTALL  Install add-on packages
  REMOVE   Remove add-on packages
  SHLIB    Make a DLL for use with dynload
  BATCH    Run R in batch mode
  build    Build add-on packages
  check    Check add-on packages
  Rprof    Post process R profiling files
  Rdconv   Convert Rd format to various other formats
  Rdiff    difference R output files
  Rd2pdf   Convert Rd format to PDF
  Rd2txt   Convert Rd format to pretty text
  Stangle   Extract S/R code from vignette
  Sweave    Process vignette documentation
  config   Obtain configuration information about R
  open     Open a file via Windows file associations
  texify   Process a latex file

Use
  R CMD command --help
for usage information for each command.


C:\Users\james.macadie> R CMD SHLIB --help

C:\Users\james.macadie>

對於那些閱讀早期代碼示例的人來說，這篇文章更高，我改變了一些事情，因為那些代碼快照：

• 我已經將R直接安裝到C：\\ R中。 它曾經在C：\\ Program Files \\ R \\中，但是已經建議帶有空格的文件路徑會導致問題
• 我在C：\\ Rtools \\下引用Rtools而不是C：\\ RBuildTools \\

感謝任何建議，一如既往

Answer 1

嘗試安裝Twitter的BreakoutDetection（也是用cpp編寫）時有同樣的無限循環問題

通過執行以下操作來修復

Sys.setenv(PATH="%PATH%;C:/Rtools/gcc-4.6.3/bin;c:/Rtools/bin")

然后在出現以下提示時回答“否”：

“安裝構建工具為R編譯C / C ++代碼需要安裝其他構建工具。是否要立即安裝其他工具？”

沒有獨立嘗試這些操作，所以不確定是否自己會解決問題

Answer 2

最后，它有點像左邊的東西。 受以下帖子的啟發，我看了一下ComSpec環境變量。 不太確定如何，但我把它設置為"cmd.exe" 。

刪除雙引號，所以它說cmd.exe ，然后重新啟動修復一切。

感謝所有試圖幫助的人。

Answer 3

我發現確保所有這些都在我的路徑中修復它。 我用RStudio關閉了這個; 之后我沒有重啟。

C:\Program Files\R\R-3.1.3\bin\x64
C:\Program Files\R\R-3.1.3\bin
C:\RBuildTools\3.2\bin
C:\RBuildTools\3.2\gcc-4.6.3\bin64
C:\RBuildTools\3.2\gcc-4.6.3\bin
C:\RBuildTools\3.2\gcc-4.6.3\i686-w64-mingw32\bin

這些都在我的Win7-64bit計算機上。 YMMV，我主要發布這個，以確保其他人看到它，如果他們有同樣的問題。

Answer 4

我遇到了同樣的問題，我通過在env變量中添加Rtools dir來解決這個問題：

 Sys.setenv(BINPREF = "C:/Rtools/mingw_$(WIN)/bin/")