使用Rcpp構建軟件包，生成的.h文件缺少標頭

Question

我目前正在RStudio中使用Rcpp構建一個程序包。 我定義了以下.cpp文件，該文件可與Rcpp::sourceCpp 。

// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
// [[Rcpp::interfaces(r, cpp)]]
#include <Rcpp.h>
#include <unordered_set>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
std::unordered_set<int> traverse_cor(NumericMatrix x, float maxcor) {
  std::unordered_set<int> elements;
  int ncol = x.ncol();
  for(int i = 0; i < ncol; i++) {
    for(int j = 0; j < ncol; j++) {
      if(i < j) {
        if(x(i, j) > maxcor && x(i, j) < 1){
          elements.insert(i + 1); 
        }
      }
    }
  }
  return elements;
}

我正在從這里和這里遵循指示。 接下來，我調用Rcpp::compileAttributes() 。 這將產生以下文件：

• src / RcppExports.cpp
• R / RcppExports.R
• inst / include / mypackage.h
• inst / include / mypackage_RcppExports.h

生成的mypackage_RcppExports.h文件如下所示：

// This file was generated by Rcpp::compileAttributes
// Generator token: 10BE3573-1514-4C36-9D1C-5A225CD40393

#ifndef __gwassim_RcppExports_h__
#define __gwassim_RcppExports_h__

#include <Rcpp.h>

namespace gwassim {

    using namespace Rcpp;

    namespace {
        void validateSignature(const char* sig) {
            Rcpp::Function require = Rcpp::Environment::base_env()["require"];
            require("gwassim", Rcpp::Named("quietly") = true);
            typedef int(*Ptr_validate)(const char*);
            static Ptr_validate p_validate = (Ptr_validate)
                R_GetCCallable("gwassim", "gwassim_RcppExport_validate");
            if (!p_validate(sig)) {
                throw Rcpp::function_not_exported(
                    "C++ function with signature '" + std::string(sig) + "' not found in gwassim");
            }
        }
    }

    inline std::unordered_set<int> traverse_cor(NumericMatrix x, float maxcor) {
        typedef SEXP(*Ptr_traverse_cor)(SEXP,SEXP);
        static Ptr_traverse_cor p_traverse_cor = NULL;
        if (p_traverse_cor == NULL) {
            validateSignature("std::unordered_set<int>(*traverse_cor)(NumericMatrix,float)");
            p_traverse_cor = (Ptr_traverse_cor)R_GetCCallable("gwassim", "gwassim_traverse_cor");
        }
        RObject __result;
        {
            RNGScope __rngScope;
            __result = p_traverse_cor(Rcpp::wrap(x), Rcpp::wrap(maxcor));
        }
        if (__result.inherits("interrupted-error"))
            throw Rcpp::internal::InterruptedException();
        if (__result.inherits("try-error"))
            throw Rcpp::exception(as<std::string>(__result).c_str());
        return Rcpp::as<std::unordered_set<int> >(__result);
    }

}

#endif // __gwassim_RcppExports_h__

嘗試構建並重新加載程序包后，我收到以下錯誤（1）：

../inst/include/gwassim_RcppExports.h:27:12：錯誤：名稱空間“ std”中的“ unordered_set”未命名類型

和（2）

RcppExports.cpp：12：1：錯誤：名稱空間'std'中的'unordered_set'未命名類型

我的C ++經驗有限，但是我的感覺是這些錯誤是由於省略了#include <unordered_set>而發生的。 如何使這些自動生成的文件具有正確的標題？

我的sessionInfo如下：

Session info ----------------------------------------------------------------------
 setting  value                       
 version  R version 3.1.0 (2014-04-10)
 system   x86_64, mingw32             
 ui       RStudio (0.99.235)          
 language (EN)                        
 collate  English_United States.1252  
 tz       America/New_York            

Packages --------------------------------------------------------------------------
 package    * version    date       source                          
 devtools     1.7.0.9000 2015-02-11 Github (hadley/devtools@9415a8a)
 digest     * 0.6.4      2013-12-03 CRAN (R 3.1.0)                  
 memoise    * 0.2.1      2014-04-22 CRAN (R 3.1.0)                  
 mvtnorm      1.0-2      2014-12-18 CRAN (R 3.1.2)                  
 Rcpp         0.11.4     2015-01-24 CRAN (R 3.1.2)                  
 roxygen2   * 4.1.0      2014-12-13 CRAN (R 3.1.2)                  
 rstudioapi * 0.2        2014-12-31 CRAN (R 3.1.2)                  
 stringr    * 0.6.2      2012-12-06 CRAN (R 3.0.0)   

我的g ++版本是4.6.3，包含在Windows的RTools軟件包中。 我已經啟用了具有以下功能的C ++ 11功能： Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-std=c++0x") 。

Answer 1

那是一個挑剔的人。 我認為您想要Rcpp屬性小插圖的3.5.2節和這個技巧：

Package.h文件除了包含Package_RcppExports.h標頭外，什么也不做。 這樣做是為了使程序包作者可以用自定義程序包替換Package.h標頭，並且仍然可以包括自動生成的導出文件（下一節將提供有關此操作的詳細信息）。

順便說一句，我想我也說服了您創建一個包，而不是僅僅依賴sourceCpp() :)

編輯： Do！ 我忽略了

std::unordered_set<int> traverse_cor(NumericMatrix x, float maxcor) 

可能不是自動可包裝的函數。 您可能需要將您的集合轉換為向量（或列表或...），以獲取與R自然匹配的類型之一。