找到兩個文件bash的不匹配行

Question

我仍然是bash的新手，我發現了與我相似的問題，但我仍然無法解決我的問題。 我有兩個文件，每個文件有2列，用空格分隔。

檔案1：

1 AGCATTTTTCAAACGAAAGATTTACTACCGATGTGT  
2 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA  
3 GATCGAACCGGCTGCCTACTGCGTGTAAAGCCGCCC  
4 CCGACACAGAGAACATTAGAATACTCAGAGCCATNN   
5 TAAGCCTGAGCCTAAACCTAAGCCTAAACATAAGAA  
6 AGCAGAGAAGAGATGAGTTGTCGAGTGAGGCGTAAG  
7 AACGTTGAAAAATTATCCCGTCAACAGTCTCCAGAA  
8 GCCAGAGAGTAAAATATTGGGTGAAGCCAGAGAGTA  
9 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA  

檔案2：

1 AGCATTTTTCAAACGAAAGATTTACTACCGATGTGT  
2 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA  
3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN  
4 CCGACACAGAGAACATTAGAATACTCAGAGCCATNN  
5 TAAGCCTGAGCCTAAACCTAAGCCTAAACATAAGAA  
6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN  
7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN  
8 GCCAGAGAGTAAAATATTGGGTGAAGCCAGAGAGTA  
9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

我想逐行比較每個文件的第二列，並輸出僅包含不匹配行的第三個文件。

輸出：

3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Answer 1

你可以使用awk ：

awk 'NR==FNR{a[$2];next} !($2 in a)' file1 file2
3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

說明：

NR == FNR {                  # While processing the first file
  a[$2]                      # just push the second field in an array
  next                       # move to next record of first file
}
!($2 in a)                   # print lines from file2 if array a doesn't that line

Answer 2

grep -vf file1 file2

輸出：

3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Answer 3

您可以使用diff來實現此目的。 diff將打印出兩個文件中的差異。

/test>diff file1 file2
3c3
< 3 GATCGAACCGGCTGCCTACTGCGTGTAAAGCCGCCC
---
> 3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
6,7c6,7
< 6 AGCAGAGAAGAGATGAGTTGTCGAGTGAGGCGTAAG
< 7 AACGTTGAAAAATTATCCCGTCAACAGTCTCCAGAA
---
> 6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
> 7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
9c9
< 9 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA
---
> 9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

從第二個文件中獲取差異：

/test>diff file1 file2 | grep ">"
> 3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
> 6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
> 7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
> 9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN