在 R 中使用 doParallel 在 foreach 循環中使用光柵堆棧

Question

我想對R中的一個大柵格堆棧中的每一層進行一系列的計算，並將每一層的結果保存為一個單獨的柵格以備后用。 我正在嘗試使用 foreach 和 doParallel 加快進程。 這是基本代碼，對堆棧中的每一層進行簡單的計算 (*3)：

library(raster)
library(doParallel)

RasterStack<- stack(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) 
RasterStack<-addLayer(RasterStack,RasterStack)

cl <- makeCluster(2)
registerDoParallel(cl)

RasterStack<- stack(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) 
RasterStack<-addLayer(RasterStack,RasterStack)

foreach(rasname=iter(names(RasterStack)),packages="raster") %dopar%{
  ras<-RasterStack[[rasname]]*3
  save(ras,file=paste0(rasname,"_new.Rras"))
}

它主要工作，但不處理前 N 層，其中 N 是節點數（例如上面的 2）。 我收到以下錯誤： { 中的錯誤：任務 1 失敗 - “此 S4 類不可子集化”。 錯誤主要發生在所有其他層都被正確處理之后（即只有前 N 層不起作用，這主要不會阻止正在處理的其他層 - 盡管偶爾會停止）。 如果使用 %do% 順序運行，所有層都會得到正確處理。

誰能解釋這種行為，或提供解決方案？
謝謝

Answer 1

似乎只有. 前面的packages不見了。 這對我有用：

foreach(rasname = iter(names(RasterStack)), .packages = "raster") %dopar% {
  ras <- RasterStack[[rasname]] * 3
  save(ras, file = paste0(rasname, "_new.Rras"))
}

Answer 2

如果您希望將結果放入新堆棧而不是單獨的文件：

# libraries
library(raster)
library(doParallel)

# fake data
RasterStack1 <- stack(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) 
RasterStack1 <- addLayer(RasterStack1, RasterStack1)
plot(RasterStack1)

# make cluster
cl <- makeCluster(2)
registerDoParallel(cl)

# parallel loop
RasterStack2 <- foreach(rasname=iter(names(RasterStack1)), 
                    .packages="raster") %dopar% {
RasterStack1[[rasname]]*3
}

# make result a stack
RasterStack2 <- stack(RasterStack2)
plot(RasterStack2)

# stop cluster
stopCluster(cl)