R軟件包中的ggplot2：CRAN測試期間的注意事項

Question

我正在寫一個使用許多ggplot2函數的R包。 問題是在CRAN測試期間，我有很多與ggplot函數有關的ggplot （請參見下文）。 在這種情況下，為了避免來自CRAN的這些說明，在函數中使用ggplot2的最佳方法是什么？

我的代碼示例：

s1 <- ggplot2::ggplot(result,aes(x=slope,y=..density..),
            environment = environment())+
            geom_histogram(fill="lightyellow", 
                           alpha=.9,colour="grey60", size=.2) +
            geom_density(size=.2) +
            geom_vline(xintercept = slope.0,color="red",linetype=2,size=.7)+
            xlab("Estimated slopes")+
            theme(axis.text = element_text(size=14),
                  axis.title = element_text(size=16))

CRAN注意：

plot_influ_phylolm：“ aes”沒有可見的全局函數定義
plot_influ_phylolm：全局變量“ slope”沒有可見的綁定
plot_influ_phylolm：全局變量“ ..density ..”沒有可見的綁定
plot_influ_phylolm：“ geom_histogram”沒有可見的全局函數定義
plot_influ_phylolm：“ geom_density”沒有可見的全局函數定義
plot_influ_phylolm：“ geom_vline”沒有可見的全局函數定義plot_influ_phylolm：“ xlab”沒有可見的全局函數定義
plot_influ_phylolm：“主題”沒有可見的全局函數定義

Answer 1

您需要將相關的Imports:添加到DESCRIPTION ，並將importFrom(...)到NAMESPACE 。 最近對此進行了相當多的討論，例如，請參見r-package-devel上的該線程及其對進一步討論的參考。

Answer 2

不提倡避免規則，而是在確定所有導入的來源時，始終可以對global variable s使用以下內容：

slope <- density <- NULL

將上述內容添加到這些變量所在的.R文件中，然后在代碼中以此類推。 此問題已在此站點的此處和此處得到更詳細的解決。

至於函數定義，要弄清楚要使用ggplot2一樣大的NAMESPACE導入哪些函數，這很棘手，因此也許最容易導入整個包。 我意識到這也不是“最佳實踐”，但是它應該使您通過CRAN檢查。 如果使用roxygen我通常使用軟件包的描述文件，例如myPkg_package.R ：

#' @name myPkg-package
#' @docType package
#' @keywords package
#'
#' @import ggplot2
#'
NULL

或者，對於選擇性導入：

#' @importFrom ggplot2 theme

然后，您將需要編輯DESCRIPTION文件以包括以下內容：

Imports: ggplot2

您甚至可能想要使用Depends:為此，但是不鼓勵在CRAN上依賴多個包（例如> 4）。

當然，您每次都可以指定NAMESPACE，例如，每次調用函數時將theme更改為ggplot2::theme 。 可以說這使代碼更清晰，盡管它可能會有些乏味並且確實增加了執行時間。 如上所述，這仍然需要您聲明導入。