通過元組字典解析

Question

通過使用迭代和理解，我創建了一個python字典，用於存儲與值（與某些功能相關的統計信息）關聯的鍵。 這些鍵是指唯一的ID（在我的情況下是基因）。 我用一個元組列表填充了這些值，每個元組表示基因ID的特征（在這種情況下，是ORF或換句話說， 潛在的蛋白質編碼序列 ）的起點和長度 。 任何給定的基因都可以具有許多這樣的特征。 一般形式如下：

{key1:[(startpoint1,length1)], key2[(startpoint1,length1)(startpoint2,length2)...], key3[]}

如下所示（在一個示例字典中），某些鍵可能只有一個功能（只有一個元組對），而另一些鍵可能多達100個或更多。 為簡單起見，我顯示了3對seq1。 也可以有沒有功能的鍵，例如seq3和4。

{'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}

我想遍歷此字典以在“長度”最大時獲得“起點”。 在我的示例中，我應該得到的答案是

起點1 （在seq1中），因為它在所有條目中具有最大的長度值（12） 。

我發現很難遍歷多個元組。

Answer 1

這段代碼應該做。

myDict = {'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}

maxLength = 0;
maxStartingPoint = 0;
maxSeq = ""

for sequence in myDict:

    for key,value in myDict[sequence]:
        if value > maxLength:
            maxLength = value
            maxStartingPoint = key
            maxSeq = sequence

Answer 2

您還可以使用itertools.chain.from_iterable ，將其傳遞給dict.values() （字典中所有值的列表）。 然后將max與key參數一起使用，以獲取具有第二個索引（1-index）處最大值的元組，示例-

>>> from itertools import chain
>>> d = {'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}
>>> max(chain.from_iterable(d.values()),key=lambda x: x[1])
(1, 12)

itertools.chain.from_iterable ，將它獲得的可迭代對象作為輸入，並將每個可迭代對象鏈接到一個列表中，例如-

>>> l = [(1,2),(3,4)]
>>> list(chain.from_iterable(l))
[1, 2, 3, 4]

Answer 3

這是我的方法：創建一個元組列表(length, start_point, key) ，這樣， max函數可以選擇長度最大的元組。

def maxlen(seq):
    longest = max((length, start_point, key) for key, value in seq.iteritems() for start_point, length in value)
    return longest

# Test
seq = {'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}
length, start_point, key = maxlen(seq)  # 12, 1, 'seq1'