R閃亮：文件錯誤（文件，“ rt”）：無效的“描述”參數

Question

如標題所示，我遇到了一個非常常見的錯誤。 但是，它在我閃亮的應用程序中，我不知道發生了什么。

我有一個輸入文件，在第一列中有一個項目列表，在第二列中有.csv文件的名稱。 這些csv文件位於app文件夾的數據目錄中。 觸發應用程序后，要求用戶輸入包含數據集/項目列表的文件。 該列表在第一個選項卡中打開。 我的目的是單擊特定的行，即項目名稱，相應的.csv文件應在第二個選項卡中打開。 第一次單擊時，相應的csv文件在第二個選項卡中打開，但是當我返回第一個選項卡並再次單擊時，它給我以下錯誤：

Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument

我已經附上了所有代碼和相應的文件。

用戶界面

dashboardPage(
  dashboardHeader(title = 'Title',titleWidth = 500),

  dashboardSidebar(width = 500,
    fluidRow(
      column(6, div(style = "height:10px"), 
             fileInput(inputId = 'inputdataset', label = 'Input Datasets', accept = c('csv','tsv','txt')))
    )
  ),

  dashboardBody(

    tabsetPanel(type="tabs", id = "tabvalue",
                tabPanel(title = "Project List", value='tab',DT::dataTableOutput('projects')),
                tabPanel(title = "Input Table", value = 'tab1', DT::dataTableOutput('table'))
    )
  )
)

服務器

library(shiny)
library(shinydashboard)

options(shiny.maxRequestSize = 30*1024^2)

shinyServer(function(input, output, session){

  # read in initial data input.csv i.e. a file containing list of projects
  # this file has a column of projects and a column of corresponding csv files
  # the third column in the table i.e. 'limma' specifies the names of the csv file
  # the data directory of the app folder contains those .csv files
  datainput <- reactive({
    infile <- input$inputdataset
    if(is.null(infile))
      return(NULL)
    read.csv(infile$datapath,check.names=F)
  })

  # output list of projects in projects tab
  # you can select any of the projects
  output$projects <- DT::renderDataTable({
    DT::datatable(datainput(), selection = 'single')
  })

  # go to tab1 when a project is selected 
  observe({
    s <- input$projects_rows_selected
    if(length(s)){
      updateTabsetPanel(session = session, inputId = "tabvalue", selected = 'tab1')
    }
  })

  # when a project is selected, the corresponding limma file is opened
  datasetInput <- reactive({
    d <- datainput()
    s <- input$projects_rows_selected
    dat <- d[s, , drop = FALSE]
    limma <- as.character(dat$limma)
    file <- paste('data/',limma,sep='')
    dd <- read.csv(file=file)
    dd
  })

  # output data for selected project in tab1
  output$table <- DT::renderDataTable({
      DT::datatable(datasetInput(),
                    selection = 'single')
  })
})

輸入文件：input.csv如下所示：

Project,limma
Hdac3KO,Hdac3KO.csv
Ezh2KO,Ezh2KO.csv

這兩個項目的.csv文件位於應用程序的data /目錄中，如下所示：

這是項目1文件Hdac3KO.csv：

ID,SYMBOL,ENTREZID,ENSEMBL
17278840,Mir376a,723855,NA
17350196,Scgb3a2,117158,ENSMUSG00000038791
17278838,Mir376b,723934,ENSMUSG00000076006
17326069,Retnla,57262,ENSMUSG00000061100
17315245,Krt18,16668,ENSMUSG00000023043

這是項目2文件Ezh2KO.csv：

ID,SYMBOL,ENTREZID,ENSEMBL
17278779,NA,NA,NA
17255543,Gm53,193022,NA
17335467,Cdkn1a,12575,ENSMUSG00000023067
17273304,Cbr2,12409,ENSMUSG00000025150

我真的很感謝您的幫助。

Answer 1

我使用的是DT包的舊版本。 已更新為DT_0.1.32 ，現在可以正常工作。