R-d3heatmap-實現中斷

Question

我正在嘗試使用d3heatmap軟件包繪制熱圖。 不幸的是，我還沒有成功但在使用選項執行某些休息breaks=...在heatmap或heatmap.2 。 這只會產生有趣的結果，我什至不確定我是在做錯什么，還是該函數是否只是忽略breaks 。

例如，我嘗試過：

breaks = c(seq(-10, -2), seq(-2, -1.65), seq(-1.65, 1.65), seq(1.65, 2), seq(2, 10)

和

breaks = c(-10, -2, -1.65, 1.65, 2, 10)

與

colors = c("red", "yellow", "green", "yellow", "red")

但似乎沒有任何正常工作。

有什么建議么？

這里的dput我的數據：

 > dput(mat)
 structure(c(-0.04, NA, 0.59, NA, 0.675, 0.96, 1.09, 0.445, NA, 
 0.545, NA, NA, 0.09, -1.11, NA, 0.99, 0.13, 0.215, 1.425, 0, 
 NA, 0.69, 0.805, NA, 0.69, 1.22, NA, 0.3, NA, 0.025, NA, 0.075, 
 0.36, -0.94, NA, -0.31, 0.26, 1.02, -1.19, NA, NA, -0.77, NA, 
 -1.48, 1.05, 0.48, NA, NA, NA, 1.49, -1.285, NA, 0.76, 1.14, 
 -0.62, NA, NA, NA, 0.95, NA, NA, -0.12, 0.49, NA, 2.31, NA, -0.33, 
 0.85, NA, -1.7, -1.63, NA, -1.12, 0.135, -0.18, NA, -0.245, NA, 
 -0.2, -0.2, 0.23, -0.11, NA, 0.3, -0.81, 0.04, 0.18, -0.7, 0.53, 
 0.44, -0.49, 0.28, 0.26, 0.06, 0.265, 0.21, 0.06, -0.175, 0.365, 
 0.255, 1.25, -0.35, 0.16, 0.125, 0.825, 0.08, 0.02, -0.02, 0.99, 
 0.79, -0.23, 0.06, NA, 0.36, -0.64, -0.195, 1.19, -0.29, 0.915, 
 NA, NA, NA, NA, 0.2, 0.1, NA, 0.04, 0.33, NA, 1.46, 2.36, NA, 
 -0.92, 1.295, NA, NA, 0.8, NA, 1.09, 1.45, 5.42, NA, NA, NA, 
 1.69, 3.43, NA, 0.55), .Dim = c(37L, 4L), .Dimnames = list(c("AT", 
 "BE", "BG", "CEE", "CH", "CN", "CZ", "DE", "DK", "EA", "EE", 
 "EMU", "ES", "EU", "FI", "FR", "GB", "GR", "HR", "HU", "IE", 
 "IT", "JP", "LU", "NL", "PL", "PT", "RO", "RS", "RU", "SE", "SI", 
 "SK", "TR", "UA", "UK", "US"), c("Credit Risk", "Funding and liquidity Risk", 
 "Macro Risk", "Market Risk")))

和我正在運行的代碼：

d3heatmap(abs(mat),
          dendrogram = "none",
          breaks = c(0,1.65,2,10),
          col = c("green", "yellow", "red"),
          na.rm = TRUE)

但是，使用heatmap.2的相同功能可以完美地工作。

Answer 1

函數d3heatmap根本沒有'breaks'參數。 如果將其作為參數傳遞，則將被忽略。 （請參閱？d3heatmap。）

另一方面，gplots包中的heatmap.2函數確實具有“ breaks”參數。 這就解釋了行為上的差異。

幸運的是，仍然可以通過將適當的“顏色”函數傳遞給d3heatmap來獲得所需的行為。 它的工作原理如下。

首先是示例數據：

mat <- structure(c(-0.04, NA, 0.59, NA, 0.675, 0.96, 1.09, 0.445, NA, 
                   0.545, NA, NA, 0.09, -1.11, NA, 0.99, 0.13, 0.215, 1.425, 0, 
                   NA, 0.69, 0.805, NA, 0.69, 1.22, NA, 0.3, NA, 0.025, NA, 0.075, 
                   0.36, -0.94, NA, -0.31, 0.26, 1.02, -1.19, NA, NA, -0.77, NA, 
                   -1.48, 1.05, 0.48, NA, NA, NA, 1.49, -1.285, NA, 0.76, 1.14, 
                   -0.62, NA, NA, NA, 0.95, NA, NA, -0.12, 0.49, NA, 2.31, NA, -0.33, 
                   0.85, NA, -1.7, -1.63, NA, -1.12, 0.135, -0.18, NA, -0.245, NA, 
                   -0.2, -0.2, 0.23, -0.11, NA, 0.3, -0.81, 0.04, 0.18, -0.7, 0.53, 
                   0.44, -0.49, 0.28, 0.26, 0.06, 0.265, 0.21, 0.06, -0.175, 0.365, 
                   0.255, 1.25, -0.35, 0.16, 0.125, 0.825, 0.08, 0.02, -0.02, 0.99, 
                   0.79, -0.23, 0.06, NA, 0.36, -0.64, -0.195, 1.19, -0.29, 0.915, 
                   NA, NA, NA, NA, 0.2, 0.1, NA, 0.04, 0.33, NA, 1.46, 2.36, NA, 
                   -0.92, 1.295, NA, NA, 0.8, NA, 1.09, 1.45, 5.42, NA, NA, NA, 
                   1.69, 3.43, NA, 0.55), .Dim = c(37L, 4L),
                   .Dimnames = list(c("AT", "BE", "BG", "CEE", "CH", "CN", "CZ", "DE", "DK", "EA", "EE", "EMU", "ES", "EU", "FI", "FR", "GB", "GR", "HR", "HU", "IE", "IT", "JP", "LU", "NL", "PL", "PT", "RO", "RS", "RU", "SE", "SI", "SK", "TR", "UA", "UK", "US"), c("Credit Risk", "Funding and liquidity Risk", "Macro Risk", "Market Risk")))

假設我們需要以下三個顏色槽：藍色表示值<0，綠色表示值== 0但<2，紅色表示值> =2。然后，我們定義了相應的顏色排序列表。

palette <- c("blue", "green", "red")

我們還定義了色塊的邊界值。 這些值必須包括域邊界。

mi <- min(mat, na.rm = TRUE)
ma <- max(mat, na.rm = TRUE)
breaks <- c(mi, 0, 2, ma)

現在，我們可以定義一個顏色插值函數，該函數將[0,1]中的值映射到一種顏色上，同時尊重我們的顏色容器。 “秤”包在這里提供幫助。

install.package('scales') # if needed
library(scales)
colorFunc <- col_bin(palette, bins = rescale(breaks))

最初在數據域中定義的中斷需要重新縮放為[0,1]。 “ scales”包中的“ rescale”功能可以解決該問題。

小細節：容器的低邊界包含在容器中，但高邊界被排除在外 。 因此，值0將為綠色，0和2之間的任何值也將為綠色，而2將為紅色。

現在我們可以繪制熱圖。

d3heatmap(mat, dendrogram = "none", colors = colorFunc, na.rm = TRUE)

結果看起來像這樣：