Bash腳本：重命名輸出目錄

Question

我做了一個bash腳本來運行程序（Velveth），該程序將目錄中的所有Fasta文件（.fa）作為輸入，並將結果提供到新目錄中。

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename"  
done

我可以循環拋出所有fasta文件，但是每次迭代都會將結果重寫到同一文件夾中。 如何為每次迭代重命名輸出目錄？

我嘗試使用與文件相同的名稱：

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth "$filename" 21 -fasta -short "$filename"  
done

但它不起作用。

謝謝。

Answer 1

您可以嘗試這樣的事情：

I=0
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename"  
    mv "folder/result" "folder/result$I"
    I=$I+1
done

它將創建諸如result0 result1類的文件，依此類推

Answer 2

我建議您做的是在將Directoy用作輸出之前創建Directoy，並且不要創建與文件同名的目錄。 如果要將輸出與文件放在同一目錄中，建議這樣做：

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    mkdir ${filename%.*}
    velveth ${filename%.*} 21 -fasta -short "$filename"  
done

${filename%.*}將刪除文件的后綴，從而使foo脫離foo.fa ，這樣您就不會創建名稱與該文件完全相同的目錄...為該文件foo.fa創建目錄foo 。

Answer 3

velveth的第一個參數是輸出目錄，並且您提供的兩個腳本都不正確

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename"  
done

錯誤：所有目錄都相同

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth "$filename" 21 -fasta -short "$filename"  
done

錯誤：目錄等於輸出文件

velveth創建輸出目錄（如果它不存在），因此我猜如果您基於文件名傳遞參數將沒有問題：

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth "${filename%.*}" 21 -fasta -short "$filename"  
done

給定一個輸入文件/home/lpp/Desktop/test/test.fa ， velveth將保存在目錄中的輸出文件/home/lpp/Desktop/test/test 。

另一個選擇可能是僅將一些“添加”到文件名中以設置輸出目錄：

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth "$filename.out" 21 -fasta -short "$filename"  
done

給定一個輸入文件/home/lpp/Desktop/test/test.fa ， velveth將保存在目錄中的輸出文件/home/lpp/Desktop/test/test.fa.out 。