導出庫路徑並包含在perl中

Question

我有一個關於導出庫路徑的查詢，並包含有關鴨嘴獸變種調用者的信息。 服務器所需的htslib和platypus已安裝在服務器上，我沒有sudo權限來更改它們。

我正在嘗試下面的代碼來導出庫並包括運行調用者。 我是否因為無法執行而錯過了某些東西？

碼：

#!usr/perl-w
use strict;
use warnings;

`export LIBRARY_PATH=/opt/htslib/lib/`;
`export LD_LIBRARY_PATH=/opt/htslib/lib/`;
`export INCLUDE_PATH=/opt/htslib/include/`;
system ("python /opt/Platypus_0.8.1/Platypus.py callVariants --help");

任何形式的幫助將不勝感激。

Answer 1

您要設置的是新鮮制作的shell的env var，而不是父python的Perl進程的env var。 為此，您需要以下內容：

$ENV{LIBRARY_PATH} = '/opt/htslib/lib/';
$ENV{LD_LIBRARY_PATH} = '/opt/htslib/lib/';
$ENV{INCLUDE_PATH} = '/opt/htslib/include/';

最好將代碼的最后一行編寫如下，因為它避免了不必要的shell：

system("python", "/opt/Platypus_0.8.1/Platypus.py", "callVariants", "--help");