如何在Ubuntu上安裝和使用rpy2

Question

我正在嘗試使用Python通過rpy2調用R。 我正在使用Ubuntu 15.10。 我已經將Python 3.5.1安裝為Anaconda 2.4.1（64位），R和rpy2版本2.7.6的一部分。 當我在終端上嘗試$ python -m'rpy2.tests'時，出現以下錯誤：

Traceback (most recent call last):
  File "/home/thirsty/anaconda3/lib/python3.5/runpy.py", line 170, in    _run_module_as_main
    "__main__", mod_spec)
  File "/home/thirsty/anaconda3/lib/python3.5/runpy.py", line 85, in _run_code
    exec(code, run_globals)
  File "/home/thirsty/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/tests.py",   line 23, in <module>
    import rpy2.tests_rpy_classic
  File "/home/thirsty/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/tests_rpy_classic.py", line 3, in <module>
    import rpy2.rpy_classic as rpy
  File "/home/thirsty/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rpy_classic.py", line 5, in <module>
    import rpy2.rinterface as ri
  File "/home/thirsty/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py", line 99, in <module>
    from rpy2.rinterface._rinterface import *
ImportError: /home/thirsty/anaconda3/bin/../lib/libreadline.so.6: undefined symbol: PC

Answer 1

我已經解決了這個問題。 python，rpy2的版本都可以。 命令$ python -m'rpy2.tests'可能不是測試rpy2的正確方法。 啟動python shell之后，當我輸入import rpy2.robjects作為robjects時，它可以正常工作而沒有任何錯誤，並且我能夠使用R讀取文件。

Answer 2

我的服務器不是Ubuntu，而是CentOS 6.6版（最終版）。 我用這種方式解決了這個問題，我想你可以在Ubuntu中找到相應的文件。

cp /lib64/libreadline.so.6 ~/anaconda3/lib/libreadline.so.6

做完了 祝好運。

但是，如果您無法安裝rpy2並且系統告訴您需要安裝Cython，那么

pip uninstall Cython
pip install Cython

再次祝你好運

同樣，不要在您的服務器中同時安裝Anaconda2和Anaconda3，僅使用其中之一，然后更改環境。