[英]Error in stat_summary(fun.y) when plotting outliers in a modified ggplot-boxplot
我想繪制顯示95百分位而不是IQR的箱線圖,包括超過95%標准定義的異常值。 此代碼工作正常,並基於此處和網絡上的幾個答案:
f1 <- function(x) {
subset(x, x < quantile(x, probs=0.025)) # only for low outliers
}
f2 <- function(x) {
r <- quantile(x, probs = c(0.025, 0.25, 0.5, 0.75, 0.975))
names(r) <- c("ymin", "lower", "middle", "upper", "ymax")
r
}
d <- data.frame(x=gl(2,50), y=rnorm(100))
library(ggplot2)
p0 <- ggplot(d, aes(x,y)) +
stat_summary(fun.data = f2, geom="boxplot") + coord_flip()
p1 <- p0 + stat_summary(fun.y = f1, geom="point")
d的結構是:
'data.frame': 100 obs. of 2 variables:
$ x: Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ y: num 2.275 0.659 -0.821 -0.129 1.997 ...
現在,來看我的真實數據,其結構基本相同:
str(test)
'data.frame': 11830917 obs. of 2 variables:
$ x: Ord.factor w/ 34 levels "SG26"<"SG22"<..: 18 18 18 18 18 18 18 18 18 18 ...
$ y: num 84.6 84.1 93.3 84 93.2 94.3 83.3 92.5 94.5 98.8 ...
現在,如果我應用相同的繪圖命令,我得到:
p0 <- ggplot(test, aes(x,y)) + stat_summary(fun.data = f2, geom="boxplot") + coord_flip()
p1 <- p0 + stat_summary(fun.y = f1, geom="point")
p1
Warning message:
Computation failed in `stat_summary()`:
Argumente implizieren unterschiedliche Anzahl Zeilen: 1, 0
最后一行是德國版的“參數意味着不同的行數1 0”。 p0生產得很好。
兩個數據集之間可能有什么區別?
由@Heroka和@bdemarest確定的問題是由只有一個值的一個因子級別產生的。
我的解決方法是跳過這些因素:
f1 <- function(x) {
if (length(x) > 7) {
return(subset(x, x < quantile(x, probs=0.025))) # only for low outliers
} else {
return(NA)
}
}
由於未知原因,問題持續存在,直到每個因子級別至少有7個值。
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