R：roxygen2，導入的包不會出現在命名空間中

Question

我的項目中有一個文件：import_packages.r，包含以下內容：

#' @import reshape2
#' @import ggplot2
#' @import DESeq2
#' @import geneplotter
#' @import survcomp
#' @import gplots
#' @import pheatmap
#' @import RColorBrewer

當我執行devtools:document()這些包不會顯示在NAMESPACE文件中，並且實際上並未導入它們。 難道我做錯了什么？

Answer 1

如果您的文件只包含您提供的行，則roxygen2會忽略它。 您應該在僅包含NULL的roxygen代碼之后添加一行。 所以以下應該有效：

#' @import reshape2 ggplot2 DESeq2 geneplotter
#' @import survcomp gplots pheatmap RColorBrewer
NULL

我還減少了向您展示的行數，通過一次使用@import可以導入幾個包。 但是對於roxygen而言，分配包裹的線數並不重要。

我認為這是因為roxygen部分必須與某個R對象相關聯。 例如，函數的文檔與相應的函數對象相關聯。 由於您不希望將導入與函數關聯，因此可以將它們與NULL關聯，這也是一個R對象。

正如hadley正確指出的那樣，不建議完全導入那么多包，因為最終可能會出現名稱沖突。 以下兩種選擇通常更好：

• 引用函數及其顯式包名稱和::運算符： reshape2::melt()這具有額外的優勢，您可以立即看到函數來自哪個包。

• 使用@importFrom包中導入所需的功能：

   #' @importFrom reshape2 melt cast 

您可以在此處找到更多信息。