使用sed替換包含特殊字符的字符串

Question

我正在嘗試編輯一些fastq文件。

本質上，我想更改：

@SRX1409044.10.1 10 length=80

至：

@SRX1409044.10/1 10 length=80

文件中每行包含.1行。

我試過使用sed：

sed 's#.1#/1#g'

它適用於大多數行，但是適用於以下行：

@SRX1409044.11.1 11 length=80

我明白了：

@SRX1409044./1/1 /1 length=80

我已經搜尋了一下，我想我可能必須逃脫特殊字符？ 我碰到的每篇文章都只給出了自己交換特殊字符的示例，因此我不太確定該怎么做。

Answer 1

小數點. 被轉義為\\.

我認為您的問題是您需要區分一位數字和兩位數字。

如果您的位數不超過2位，最簡單的方法是重復兩次正則表達式，例如：

[0-9][0-9]

匹配任何2位數字或數字序列。

• 因為我不知道您使用的是哪個版本的sed ，以及它的增強功能是什么。

另外，我不確定您要接受什么，也要拒絕什么。

Answer 2

此命令將每行的第一個出現的.1 （點后跟1和一個空格）更改為/1注意轉義的. ：

sed 's|\.1 |/1 |' infile

例如輸入文件，例如

@SRX1409044.10.1 10 length=80
@SRX1409044.12.1 10 length=80
@SRX1409044.14.1 10 length=80
@SRX1409044.15.1 10 length=80
@SRX1409044.990.1 10 length=80

結果是

@SRX1409044.10/1 10 length=80
@SRX1409044.12/1 10 length=80
@SRX1409044.14/1 10 length=80
@SRX1409044.15/1 10 length=80
@SRX1409044.990/1 10 length=80

現在，如果.1也可能位於一行的末尾，我們必須稍稍更改命令，因為此刻我們需要一個空格：

sed 's#\.1\( \|$\)#/1\1#' infile

這是“ .1后跟一個空間或行的末尾，替換/1和后任何來到.1 ”。 例如：

$ sed 's#\.1\( \|$\)#/1\1#' <<< 'SRX1409044.116884523.1'
SRX1409044.116884523/1