從距離矩陣到鄰接矩陣

Question

我有一個距離1024x1024的矩陣，其中包含所有條件之間的所有距離。 我想從此開始定義一個圖。 因此，我定義了最小生成樹，並據此計算了鄰接矩陣。

我的距離矩陣是distMat 。

matrix_of_distances <- as.matrix(distMat)
myGraph <- graph.adjacency(matrix_of_distances, weighted=TRUE)

我的圖是具有所有可能的圓弧的圖（因為所有兩對項之間的距離都是有限值）。 我需要另一個圖，稀疏：

mst <- as.undirected(minimum.spanning.tree(myGraph))

從該稀疏圖中，我可以使用以下公式計算鄰接矩陣：

adjacency <- as_adjacency_matrix(mst, type = c("both", "upper", "lower"), attr = NULL, edges = FALSE, names = TRUE, sparse =igraph_opt("sparsematrices"))

現在，我想以不同的方式創建矩陣鄰接，並傳遞另一個最小生成樹對象。 假設我創建了另一棵生成樹：

spt <- spantree(matrix_of_distances)

如果我做：

adjacency <- as_adjacency_matrix(spt, type = c("both", "upper", "lower"), attr = NULL, edges = FALSE, names = TRUE, sparse =igraph_opt("sparsematrices"))

我收到錯誤：

as_adjacency_matrix（spt，type = c（“ both”，“ upper”，“ lower”），中的錯誤：不是圖形對象

再次，我試圖從最小生成樹生成鄰接矩陣。 我怎么解決這個問題？

Answer 1

錯誤是由於您在期望igraph時在類spantree的對象上使用函數as_adjacency_matrix而引起的。

由於您使用igraph ，一個簡單的解決辦法是從原來的“距離圖”與計算最小生成樹igraph的功能mst 。

這是spantree計算最小生成樹的方式：

require(vegan)
data(dune)
dis <- vegdist(dune)
tr <- spantree(dis)

結果是下面的樹（ plot(tr, type="t") ）

：

僅使用igraph函數可以獲得相同的結果：

library(igraph)
g  <- graph.adjacency(as.matrix(dis), weighted=TRUE)
g_mst <- mst(g)

生成的樹看起來像這樣（ plot(g_mst, vertex.color=NA, vertex.size=10, edge.arrow.size=0.5) ）：

擁有igraph樹后，您已經知道可以使用as_adjacency_matrix函數將其轉換為鄰接矩陣：

A <- as_adjacency_matrix(mst)