R不會加載已安裝的軟件包，理由是錯誤：必須先卸載其他軟件包（並且不能卸載它們）

Question

我完全不了解我在這里面臨的問題，可能沒有發布足夠的信息，請耐心等待我更新/回復評論...謝謝，

我最近嘗試安裝軟件包“ metagenomeSeq”（URL： http : //www.cbcb.umd.edu/software/metagenomeSeq ）。 to install: 該軟件包使用自己的安裝例程，並使用R腳本進行安裝：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("metagenomeSeq")

安裝顯然很成功：

> biocLite("metagenomeSeq")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.2 (BiocInstaller 1.20.1), R 3.2.5 (2016-04-14).
Installing package(s) ‘metagenomeSeq’
...
[snippped]
...
* installing *source* package ‘metagenomeSeq’ ...
** R
** data
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (metagenomeSeq)

但是，嘗試加載軟件包會產生以下結果：

> library("metagenomeSeq")
Loading required package: Biobase
Error in unloadNamespace(package) : 
  namespace ‘Biobase’ is imported by ‘DESeq2’, ‘genefilter’, ‘multtest’, ‘annotate’, ‘geneplotter’, ‘AnnotationDbi’ so cannot be unloaded
Error in library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc,  : 
  Package ‘Biobase’ version 2.26.0 cannot be unloaded

我正在使用R v3.2.5和Rstudio v099.491。 操作系統：Ubuntu 14.04。 套餐包括：

library("scales")
library("ape")
library("ggplot2")
library("RColorBrewer")
library("igraph")
library("vegan")
library("gridExtra")
library("cowplot")
library("RAM")
library("plyr")
library("stringr")
library("gridExtra")
library("ggdendro")
library("reshape2")
library("xtable")
library("knitr")
library("phyloseq")
library("indicspecies")

編輯1：

當我打開R Studio的新實例而不首先加載任何其他軟件包時，將加載該軟件包。 R的軟件包依賴關系是否可能與需要卸載其依賴關系的其他軟件包沖突？ 我以前從未遇到過。

編輯2：我使用的包含的包。

Answer 1

懶惰修復：刪除庫“重塑”和“ RAM”（ RAM取決於重塑 ）減輕了我的問題。