igraph和read.table，R中的孤立頂點

Question

我看到R中的igraph需要這樣的數據結構：

nodeA  nodeB   int_1 int_2
AA      BD      6   X   
BD      CA      8   Y
AA      DE      7   Y
...     ...     ... ...

我看到了

data<-read.table(file)
graph.data.frame(data)

我獲得了相應的網絡。

現在說我必須放置隔離的節點，我在文檔中進行了搜索，但是找不到任何可以解決我的問題的東西。

如何在原始文件中指定它們？

我想到了類似的東西（如.sif格式）

nodeA  nodeB   int_1 int_2
AA      DE      7   Y
...     ...     ... ...
isoNodeA
isoNodeB
...

但顯然read.table不能接受行之間不同數量的字段。

Answer 1

您可以這樣嘗試：

data<-read.table(header=T, fill = TRUE, stringsAsFactors=F, text="
nodeA  nodeB   int_1 int_2
AA      BD      6   X   
BD      CA      8   Y
AA      DE      7   Y
ZZ
DE      BD      7   Y")
data[data==""] <- NA

library(igraph)
g <- graph.data.frame(
  data[complete.cases(data),], 
  vertices = unique(na.omit(unlist(data[1:2]))))
plot(g)